在工程款进度款支付时，乙方向甲方开具保函，这一做法本身并不违反法律法规的强制性规定，是否合规需结合具体合同条款及双方约定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、保函的性质与作用
保函，特别是银行保函，是一种由银行出具的担保文件，承诺在申请人（本例中为乙方）未能履行其合同义务时，由银行按照保函的约定向受益人（本例中为甲方）承担一定的经济赔偿责任。在工程款支付场景中，乙方开具保函通常是为了向甲方证明其具备履行合同的能力，并承诺在特定条件下（如未能按时完成工程进度或质量不达标等）承担相应的经济责任。
二、合规性分析
合同自由原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，有权自由约定合同的内容。因此，如果甲乙双方在合同中明确约定了乙方在支付工程款进度款时需向甲方开具保函，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这一做法就是合规的。
保函的开具与接受：
- 乙方开具保函的行为本身并不构成违法，只要保函的内容合法、形式合规，且乙方具备开具保函的资格和能力。同时，甲方接受保函作为工程款支付的一种担保方式，也是其合同自由权利的体现。
潜在风险与防范：
- 尽管开具保函本身不违法，但双方仍需注意保函的具体条款和条件，确保保函的开具不会给乙方带来过大的经济负担或风险。例如，保函的金额、期限、索赔条件等应明确合理，避免甲方滥用保函进行不当索赔。
- 乙方在开具保函前，应对自身的财务状况和履约能力进行充分评估，确保能够承担保函项下的潜在赔偿责任。
三、实际操作建议
明确合同条款：
- 甲乙双方应在合同中明确约定保函的开具时间、金额、期限、索赔条件等关键条款，以避免后续争议。
选择信誉良好的保函出具机构：
- 乙方应选择信誉良好、实力雄厚的银行或担保机构出具保函，以确保保函的可靠性和有效性。
加强沟通与协商：
- 在保函开具和接受过程中，甲乙双方应保持密切沟通，及时协商解决可能出现的问题和争议。
若在实际操作中遇到任何疑问或问题，可以直接向我咨询。我将结合具体的合同条款和实际情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。