信用卡逾期已和银行达成协议的情况下，银行自动扣款是合法的。但这一结论需基于以下详细情况进行分析：
有协议约定：
- 如果持卡人在办理信用卡时或逾期后与银行签订了相关协议，并明确同意在逾期情况下银行有权从指定的储蓄账户中自动扣款用于偿还信用卡欠款，那么银行的这种操作是合法的。这是因为在签订协议时，持卡人已经授权银行进行此类扣款操作。
法院判决或仲裁裁决：
- 当信用卡逾期纠纷经过法院判决或仲裁机构裁决，且裁决结果支持银行可以从持卡人特定账户扣款用于还款时，银行依据生效法律文书进行自动扣款也是合法的。这种情况下，银行的扣款行为是基于法律文书的授权和执行力。
然而，也需注意以下可能违法的情形：
- 未经授权扣款：若银行在未与持卡人达成任何书面或口头协议，也未获得法律授权的情况下，擅自从持卡人的非关联账户中扣款，这种行为可能构成对持卡人财产权的侵犯，属于违法行为。
- 超出授权范围扣款：即使持卡人曾授权银行自动扣款，但如果银行扣款的金额超出了持卡人授权的范围或者违反了双方约定的扣款条件，也可能构成违法。
因此，在信用卡逾期并与银行达成协议的情况下，持卡人应确保协议内容明确且自己已充分理解，特别是关于自动扣款的部分。如果持卡人对银行的自动扣款行为存在疑问或认为银行存在违规扣款行为，可以及时向银行提出异议并要求其纠正，必要时也可以向我咨询以寻求专业的法律帮助。