小区单独一栋上楼顶上的管理费应归全体业主所有。具体分析如下：

根据《物业管理条例》第五十四条的规定，利用物业共用部位、共用设施设备进行经营的，应当在征得相关业主、业主大会、物业服务企业的同意后，按照规定办理有关手续。业主所得收益应当主要用于补充专项维修资金，也可以按照业主大会的决定使用。由此可知，物业的共用部位、共用设施设备所产生的收益应归全体业主所有。

而小区单独一栋上楼顶，作为物业的一部分，其管理费本质上也是利用物业共用部位所产生的收益。因此，这部分管理费应归全体业主所有，并可用于补充专项维修资金或按照业主大会的决定进行使用。

在实际操作中，业主委员会在收取此类管理费后，应公开透明地管理这些费用，并定期向业主大会报告费用的收支情况，以确保费用的合理使用和业主的权益得到保障。

综上所述，业主委员会收的小区单独一栋上楼顶上的管理费应归全体业主所有，并应按照相关规定进行管理和使用。如有任何疑问或争议，建议业主及时与业主委员会或物业服务企业进行沟通协商，以维护自身的合法权益。