责令拆除违法项目主体的确定，主要依据违法项目的性质、位置以及相关法律法规的规定，一般包括城乡规划主管部门、乡镇人民政府、城市管理综合行政执法部门（城管部门）以及土地行政主管部门等。以下是对不同情况下责令拆除违法项目主体的详细阐述：
城乡规划主管部门
- 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，对于城市规划区内违反规划建设的违法项目，城乡规划主管部门有权责令停止建设，并在无法采取改正措施消除影响的情况下，限期拆除。
- 适用范围：主要适用于城市市区内未经许可擅自搭建的商业用房、违规扩建的住宅等违法项目。
乡镇人民政府
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国城乡规划法》，对于乡、村庄规划区内的违法项目，乡镇人民政府有权责令停止建设、限期改正，并在逾期不改正的情况下，进行拆除。
- 适用范围：主要针对农村村民未经批准在自家宅基地外擅自建设的附属用房、养殖场等违法项目。
城市管理综合行政执法部门（城管部门）
- 法律依据：城管部门在实施相对集中行政处罚权的城市中，有权依据地方性法规或地方政府规章，对城市规划区内的违法项目进行查处和拆除。
- 适用范围：主要适用于街道两侧的违法搭建、占道建筑等违法项目。
土地行政主管部门
- 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，对于涉及非法占用土地建设的违法项目，土地行政主管部门有权责令退还非法占用土地，并在限期内拆除或没收建筑物及其他设施。
- 适用范围：主要处理未经批准在农用地上建设厂房、私自在集体土地上开发房地产等行为。
特殊情况下的拆除主体：
- 县级以上地方人民政府：在城乡规划区内进行非法建筑物、构筑物、设施等的强制拆除时，通常由县级以上地方人民政府责成有关部门实施。这些部门可能包括城乡规划主管部门、土地管理部门等，具体执行部门需根据当地政府的组织结构和职责分配来确定。
拆除原则与注意事项：
- 严格遵循法律程序：无论哪个主体负责责令拆除违法项目，都必须严格遵守法律程序和规定，确保拆除行为的合法性和正当性。
- 保障当事人权益：在拆除过程中应充分保障当事人的合法权益，避免造成不必要的损失和纠纷。例如，给予当事人合理的陈述和申辩机会，确保拆除行为不影响其合法财产的安全等。
在实际操作中，如果违法项目的所有权人拒绝配合拆除工作，相关部门有权依法组织并实施强制拆除措施。但务必确保整个过程的公平、合法性和权威性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。