针对您提出的“夫妻在两个村各有户口，并且都有宅基地，是否合法”的问题，这主要涉及到我国农村宅基地的“一户一宅”制度以及相关的法律规定。

首先，我们需要明确“一户一宅”的具体含义。根据《土地管理法》第六十二条的规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。这是为了保障农村土地资源的合理利用，防止土地资源的浪费和滥用。

接下来，我们分析您的情况。夫妻在两个村各有户口，并且都拥有宅基地，这看似违反了“一户一宅”的原则。然而，是否合法需要具体分析：

1. 户口与宅基地的关系：

   • 通常情况下，户口是确定宅基地使用权的重要依据。如果夫妻双方在两个不同的村都有户口，并且都符合当地申请宅基地的条件，那么他们各自申请宅基地在形式上可能并不直接违反法律规定。
   • 但关键在于，他们是否同时满足了“一户”的条件。如果夫妻双方虽然户口分开，但实际上仍被视为一个家庭单位（即“一户”），那么他们拥有两处宅基地就可能违反了“一户一宅”的原则。

2. 宅基地的取得方式：

   • 宅基地的取得应当符合法律法规的规定，包括申请、审批等程序。如果夫妻双方的宅基地都是通过合法程序取得的，那么需要进一步审查这些程序是否完全合规。
   • 特别是，如果其中一处宅基地的取得存在瑕疵或违规行为，那么该宅基地的使用权就可能受到质疑。

3. 特殊情况的处理：

   • 根据相关政策解读，存在一些特殊情况可以不算违反“一户一宅”制度。例如，因继承房屋占用宅基地的、农村集体经济组织成员进城落户原合法取得的宅基地等。
   • 但这些特殊情况并不适用于您描述的情况，因为夫妻双方并非通过继承或进城落户等方式取得宅基地。

4. 实际操作中的认定：

   • 在实际操作中，“户”的认定可能因地区而异。一些地区可能以公安机关户籍登记信息为基础，同时结合村民身份、户籍关系、土地承包关系、村规民约等情况进行综合认定。
   • 因此，夫妻双方是否被视为“一户”以及他们各自拥有的宅基地是否合法，最终需要由当地相关部门根据具体情况进行认定。

结论与建议：

• 一般情况下，夫妻在两个村各有户口并且都拥有宅基地可能违反了“一户一宅”的原则。
• 但具体是否合法需要由当地相关部门根据户口认定、宅基地取得方式以及特殊情况的处理等因素进行综合判断。
• 如果您对此有疑问或需要进一步的法律指导，建议您咨询当地土地管理部门或法律专业人士以获取更准确的解答。