村委会将同一土地先后承包给甲方、后又确权登记给乙方的行为，属于典型的“一地二包”情形，该行为因违反法律强制性规定而无效，乙方不能因此取得合法土地承包经营权，具体处理方式如下：

一、法律定性：村委会“一地二包”行为无效

根据《农村土地承包法》第三十六条：“承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案”，但发包方（村委会）不得重复发包同一土地。若村委会已将土地承包给甲方，又未经法定程序（如解除与甲方的承包合同、收回土地并重新发包）将同一土地确权给乙方，该行为因违反“一物一权”原则而无效。乙方虽取得确权证书，但若确权程序存在瑕疵（如未公示、未征得甲方同意等），其权利基础不成立。

二、处理路径：分情况解决争议

1. 若甲方与村委会的承包合同合法有效且未解除

• 甲方权利：甲方作为合法承包方，有权要求村委会继续履行合同（如交付土地、排除乙方干扰），并可主张村委会违约责任（如赔偿损失）。
• 乙方权利：乙方因确权程序违法，无权占有土地，应返还土地给甲方或村委会。若乙方已实际使用土地，可能构成无权占有，甲方可依据《民法典》第二百三十五条要求返还原物。
• 村委会责任：村委会需承担行政责任（如被责令改正）及民事赔偿责任（如赔偿甲方因重复发包导致的损失）。

2. 若村委会与乙方的确权程序存在重大瑕疵（如未公示、伪造材料）

• 行政撤销：乙方可向县级农业农村部门申请撤销错误的确权证书，依据《农村土地承包经营权证管理办法》第二十一条，因登记错误导致的证书应注销。
• 民事诉讼：甲方可起诉村委会与乙方，要求确认村委会与乙方的承包合同无效，并返还土地。法院将审查确权程序合法性，若存在程序违法（如未召开村民会议、未公示），可能判决确权行为无效。

3. 若甲方与村委会的承包合同已解除或终止

• 村委会重新发包合法性：若村委会与甲方的合同已依法解除（如甲方违约、合同期满），村委会可重新发包土地给乙方。但需确保重新发包程序合法（如公开招标、村民会议表决），否则仍可能被认定为无效。
• 乙方权利：若重新发包程序合法，乙方可取得合法承包经营权；若程序违法，乙方权利仍受挑战。

三、实务建议：分步骤维权

1. 收集证据：甲方需保留与村委会的承包合同、缴费凭证、土地使用记录等；乙方需核查确权程序文件（如公示记录、村民会议决议）。
2. 协商解决：优先与村委会协商，要求其纠正错误（如解除与乙方的合同、恢复甲方权利）。
3. 行政投诉：向乡镇政府或县级农业农村部门举报村委会违法发包行为，要求撤销错误确权。
4. 民事诉讼：若协商、行政途径无效，甲方可起诉村委会与乙方，要求确认合同无效、返还土地并赔偿损失。

提示：土地承包经营权纠纷涉及农民核心利益，处理需兼顾法律程序与农村社会稳定。建议当事人优先通过行政途径解决，若争议复杂，可进一步向我咨询具体诉讼策略。