在规划和自然资源局存档的建筑，并不直接等同于合法建筑，其合法性需结合具体情况判断。以下从不同角度进行详细分析：

1. 存档行为与合法性的关系

规划和自然资源局存档建筑图纸或规划方案，是行政机关对建设项目规划阶段的行政管理行为。存档本身仅表明该建筑项目已进入行政审批流程，或已完成部分审批环节（如规划许可），但并不直接赋予建筑合法性。合法建筑的认定需依据完整的审批流程和最终审批结果。

2. 合法建筑的认定标准

根据《城乡规划法》及相关规定，合法建筑需满足以下条件：

• 取得建设工程规划许可证：未经规划许可或违反规划许可内容建设的建筑，属于违法建筑。
• 符合规划要求：即使取得规划许可，若实际建设与许可内容不符（如超面积、超层高、改变用途等），仍可能被认定为违法建筑。
• 通过竣工验收：部分地区要求建筑完成竣工验收备案后，方可认定为合法建筑。

若建筑仅存档但未取得规划许可，或虽取得许可但违反许可内容，则仍属违法建筑。

3. 存档建筑可能存在的合法性情形

• 已取得完整审批手续：若建筑在存档后，依法取得建设工程规划许可证、施工许可证，并严格按照许可内容建设，最终通过竣工验收，则属于合法建筑。
• 历史遗留问题处理：部分地区对历史遗留的无证建筑，可能通过补办手续、缴纳罚款等方式予以合法化。但此类处理需符合地方政策，且通常针对特定时期的建筑。
• 临时建筑或特殊用途建筑：部分临时建筑或特殊用途建筑（如应急设施、公共设施）可能无需完整审批手续，但需符合相关法规规定。

4. 违法建筑的后果

若建筑被认定为违法建筑，可能面临以下后果：

• 行政处罚：包括责令限期拆除、罚款等。
• 强制拆除：逾期不拆除的，行政机关可依法强制拆除。
• 影响产权登记：违法建筑无法办理产权登记，影响交易、继承等权益。
• 民事纠纷风险：可能引发相邻权纠纷、合同纠纷等。

5. 建议与风险提示

• 核实审批手续：若您涉及建筑合法性争议，建议首先核实该建筑是否取得完整的审批手续（如规划许可证、施工许可证、竣工验收备案等）。
• 咨询行政机关：可向当地规划和自然资源局、住房和城乡建设局等部门查询建筑审批情况。
• 法律程序维权：若建筑被错误认定为违法建筑，或行政机关处罚程序违法，可通过行政复议、行政诉讼等法律程序维权。

如有具体案件或建筑情况需进一步分析，可直接向我咨询。我将结合您提供的详细信息，给出更精准的法律建议。