孩子明明是男方亲生的，但跟他爷爷做亲子鉴定却显示不是，这种情况可能由以下几种原因导致：
生物学上的变异或突变：
- 在极少数情况下，生物学上的变异或基因突变可能导致亲子鉴定结果出现偏差。虽然这种情况非常罕见，但理论上是有可能发生的。不过，这种变异或突变通常不会影响到孩子与直接亲生父母之间的亲子关系鉴定，但在与隔代亲属（如爷爷）进行鉴定时，可能会因为基因组合的复杂性而出现意外结果。
鉴定样本的污染或混淆：
- 亲子鉴定依赖于准确的样本采集和保存。如果在采集、保存或运输过程中样本受到污染，或者样本被混淆（例如，将不同人的样本弄混），都可能导致鉴定结果不准确。因此，确保样本的纯净性和正确性是亲子鉴定的关键。
非生物学父亲的情况（但此情况与用户描述不符，仅作全面分析）：
- 尽管用户明确表示孩子是男方的，但理论上如果存在非生物学父亲的情况（如试管婴儿技术中的误植胚胎等极端情况），那么孩子与爷爷之间自然不会有生物学上的亲子关系。不过，这种情况在常规情况下几乎不可能发生，且与用户描述明显不符，因此可以排除。
鉴定机构或技术的问题：
- 亲子鉴定的准确性还取决于鉴定机构的专业水平和使用的技术。如果鉴定机构不专业或技术不过关，也可能导致鉴定结果出现错误。因此，选择正规、专业的鉴定机构进行亲子鉴定是非常重要的。
针对您的情况，我建议采取以下措施：
- 重新进行亲子鉴定：首先，建议与男方及其家族成员一起，选择一家正规、专业的鉴定机构重新进行亲子鉴定。确保样本的采集、保存和运输过程都符合规范，以避免样本污染或混淆的问题。
- 咨询专业医生或遗传学家：如果重新鉴定后结果仍然异常，可以考虑咨询专业医生或遗传学家，了解是否存在生物学上的变异或突变等特殊情况。
- 法律途径：如果亲子鉴定结果对您的抚养权、财产继承等法律权益产生影响，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在这种情况下，一份准确、可靠的亲子鉴定报告将是非常重要的证据。
最后，我想强调的是，亲子鉴定是一个严肃而复杂的过程，它涉及到生物学、遗传学、法律等多个领域的知识。因此，在进行亲子鉴定时，一定要选择正规、专业的机构，并遵循科学的流程和方法。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。