结论：村委会的合同能否由本村合作社兑付，关键在于合同条款的约定以及法律关系的界定。若合同明确约定或经双方协商一致，合作社可代为兑付；但需确保程序合法、内容合规，以避免法律风险。以下是具体分析及操作建议：

一、合同主体与兑付责任的界定

1. 合同相对性原则
   根据《民法典》第四百六十五条，合同仅对签订双方具有约束力。若村委会是合同一方，原则上应由村委会履行兑付义务。若需由合作社代为兑付，需满足以下条件之一：

   • 合同明确约定：合同中直接写明“兑付义务可由本村合作社代为履行”；
     
   • 事后协商一致：村委会与合同相对方签订补充协议，明确合作社作为兑付主体；
     
   • 法律授权或惯例：如合作社是村委会设立的经济组织，且当地政策允许此类代付行为。

2. 合作社的独立法律地位
   若合作社是独立法人（如农民专业合作社），其民事责任独立于村委会。代为兑付需以合作社自有财产承担责任，不得以村委会资产抵偿，否则可能涉及“法人人格否认”风险。

二、有效操作的步骤与要点

1. 修改合同条款

   • 原合同未约定代付：需签订《补充协议》，明确以下内容：
     
     • 合作社代为兑付的具体金额、期限；
       
     • 村委会与合作社的责任划分（如合作社违约时村委会是否承担连带责任）；
       
     • 争议解决方式（如仲裁或诉讼）。
       
   • 示例条款：
     > “经双方协商一致，甲方（村委会）同意由本村XX合作社代为履行本合同第X条约定的付款义务，合作社以自有财产承担责任。若合作社未按期兑付，甲方仍承担补充清偿责任。”

2. 履行内部决策程序

   • 村委会层面：需通过村民会议或村民代表会议决议，确保代付行为符合《村民委员会组织法》规定的民主程序；
     
   • 合作社层面：需召开成员大会，经代表三分之二以上表决权通过，避免因内部决策瑕疵导致代付无效。

3. 公示与备案

   • 将代付事项在村务公开栏公示，接受村民监督；
     
   • 若涉及政府补贴或项目资金，需向乡镇政府备案，确保符合政策要求。

三、法律风险防范

1. 避免表见代理风险
   若合作社未获明确授权即代为兑付，可能被认定为无权代理。合同相对方有权要求村委会继续履行义务，甚至追究违约责任。

2. 防止财产混同
   合作社与村委会的财务需独立核算，代付资金应通过合作社专用账户划转，保留付款凭证，避免被认定为“财产混同”导致法人人格否认。

3. 争议解决条款设计
   在补充协议中约定仲裁条款（如“因本协议产生的争议，提交XX仲裁委员会仲裁”），可提高纠纷解决效率，避免诉讼程序耗时过长。

四、特殊情形处理

1. 政府项目合同
   若合同涉及财政资金（如扶贫项目），需提前向主管部门申请变更兑付主体，未经批准擅自代付可能导致资金被追回。

2. 合作社资不抵债
   若合作社无力兑付，村委会可能因“债务加入”或“担保”条款被追责。建议在补充协议中明确“合作社独立承担责任，村委会不提供担保”。

操作建议：先审查原合同条款，再通过补充协议明确代付关系，同时履行内部决策和公示程序。如有复杂情况（如政府项目、大额资金），可进一步提供合同文本，我将协助审查风险点。