备案公章字体有瑕疵，但与使用的公章鉴定结果不一样时，鉴定结论仍然有效，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、鉴定结论的效力基础
鉴定结论作为证据的一种，其效力主要取决于鉴定程序的合法性、鉴定机构的资质以及鉴定方法的科学性。只要鉴定过程符合法定程序，鉴定机构具备相应资质，且鉴定方法科学可靠，那么鉴定结论就具有法律效力。公章字体的瑕疵，并不直接影响鉴定结论的效力，除非该瑕疵导致鉴定样本与实际使用公章存在本质差异，且这种差异足以影响鉴定结果。
二、字体瑕疵对鉴定结论的可能影响
轻微瑕疵不影响：
- 如果公章字体的瑕疵是微小的，如字体粗细、间距等细微差异，且这些差异并不改变公章的整体特征和识别度，那么这种瑕疵通常不会影响鉴定结论的效力。因为鉴定主要关注的是公章的整体特征和唯一性，而非字体的完美程度。
严重瑕疵可能影响：
- 如果公章字体的瑕疵是严重的，如字体完全变形、缺失关键部分等，且这种瑕疵导致鉴定样本与实际使用公章存在显著差异，那么这种瑕疵可能会影响鉴定结论的效力。在这种情况下，可能需要重新进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和公正性。
三、法律建议与后续行动
核实鉴定程序与机构资质：
- 如果您对鉴定结论有异议，首先应核实鉴定程序是否合法、鉴定机构是否具备相应资质。如果发现鉴定程序存在违法或鉴定机构不具备资质的情况，您可以向相关部门投诉或申请重新鉴定。
提供充分证据反驳：
- 如果您认为鉴定结论存在错误或不合理之处，您可以提供充分的证据来反驳。例如，您可以提供其他可靠的公章样本、证人证言等证据来证明实际使用公章与鉴定样本存在差异。
寻求专业法律帮助：
- 在处理此类纠纷时，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助您更好地维护自己的合法权益。
四、可能的法律后果
如果鉴定结论被采纳：
- 那么该结论将作为法院判决或仲裁裁决的重要依据。如果鉴定结论对您不利，您可能需要承担相应的法律责任或经济损失。
如果鉴定结论被推翻：
- 那么法院或仲裁机构将不会采纳该结论作为判决或裁决的依据。此时，您可能需要重新进行鉴定或提供其他证据来证明自己的主张。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。