驾驶证扣分超过12分后，证件本身并未直接失效或变为非法，但驾驶员将面临一系列法律后果和限制，这些后果和限制实际上使得证件在某种意义上“不合法”使用，直至满足特定条件恢复驾驶资格。以下是对这一问题的详细分析：

1. 驾驶证扣分机制与满分处理：

   • 根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，驾驶证的一个记分周期为12个月，满分为12分。若在一个记分周期内累积扣分达到或超过12分，公安机关交通管理部门将扣留其机动车驾驶证。
   • 驾驶员需在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习，并参加考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。

2. 扣分超过12分的法律后果：

   • 扣留驾驶证：一旦扣分达到或超过12分，驾驶证将被扣留，这意味着驾驶员在此期间无法合法驾驶机动车。
   • 学习与考试：驾驶员必须参加规定的学习和考试，以证明其已掌握必要的交通安全知识和技能。
   • 可能的降级处理：对于持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车驾驶证的驾驶员，若在一个记分周期内有记满12分记录，车辆管理所还将注销其最高准驾车型驾驶资格，并通知机动车驾驶人在三十日内办理降级换证业务。

3. 证件的“合法性”问题：

   • 从严格意义上讲，驾驶证本身并未因扣分超过12分而变为非法证件。然而，由于驾驶证被扣留，且驾驶员需满足特定条件（如通过学习和考试）才能恢复驾驶资格，因此在此期间，驾驶员实际上无法合法使用该证件驾驶机动车。
   • 若驾驶员在驾驶证被扣留期间仍驾驶机动车，将构成无证驾驶的违法行为，面临更严厉的法律处罚。

4. 恢复驾驶资格的条件与流程：

   • 驾驶员需按照公安机关交通管理部门的指示参加学习和考试，并考试合格。
   • 对于需要降级处理的驾驶员，还需在规定时间内办理降级换证业务。
   • 完成上述步骤后，驾驶员将重新获得驾驶资格，驾驶证也将恢复其“合法性”。

总结与建议：

• 驾驶证扣分超过12分后，驾驶员应立即停止驾驶行为，并按照公安机关交通管理部门的指示参加学习和考试。
• 在此期间，驾驶员应积极配合处理相关事宜，以尽快恢复驾驶资格。
• 若对扣分情况或处理流程有疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。