若在招投标过程中发现标书封面被做记号，可能涉及违规或影响公平竞争，处理方式需结合具体情况，分以下情形分析：

1. 若记号系己方无意为之，且未影响标书实质内容
   根据《招标投标法》第二十二条，投标人不得以任何方式干扰评标。若封面记号仅为笔误、装订痕迹等非主观故意行为，且未泄露报价、技术方案等核心信息，可采取以下措施：

   • 立即书面说明：向招标方提交情况说明，附上标书原件及记号位置照片，强调记号未改变标书内容，申请继续参与评标；
     
   • 配合调查：若招标方要求核查，需配合提供相关证据（如制作标书的监控录像、原始文件等），证明无违规意图。
     法律依据：《招标投标法实施条例》第四十条，未实质性影响投标文件响应性的轻微瑕疵，不应否决投标。

2. 若记号系他人恶意添加，或己方故意为之以识别标书
   若发现封面记号为竞争对手伪造，或己方为区分标书版本而故意标记（如用特殊符号、颜色等），可能构成以下违法情形：

   • 违反公平竞争原则：根据《反不正当竞争法》第十一条，经营者不得通过伪造证据、恶意标记等方式干扰其他经营者合法经营活动；
     
   • 导致投标无效：根据《招标投标法》第五十三条，投标人以他人名义投标或弄虚作假的，中标无效，处中标项目金额5‰-10‰罚款，没收违法所得。
     处理建议：
     
   • 立即取证：保留标书原件、监控录像、沟通记录等证据，证明记号来源；
     
   • 向监管部门投诉：向招标人所在地行政监督部门（如发改委、住建局）举报，要求调查并撤销违规中标结果；
     
   • 承担法律责任：若查实为己方故意行为，需接受行政处罚，并可能被列入招投标不良行为记录名单。

3. 若招标方以封面记号为由否决投标
   招标方不得仅以封面存在非实质性记号（如无含义的划痕、装订线偏移等）否决投标，否则可能构成以下违法：

   • 违反评标程序：根据《招标投标法》第四十条，评标委员会应按招标文件确定的评标标准和方法评审，不得随意增加否决条件；
     
   • 侵犯投标人权益：投标人可依据《招标投标法》第六十五条，向行政监督部门投诉，要求责令改正并重新评标。
     维权路径：
     
   • 书面异议：在知道或应当知道异议事项后3日内向招标人提出，要求复核并出具书面答复；
     
   • 行政投诉：若招标人未答复或答复不认可，可在收到答复后10日内向行政监督部门投诉；
     
   • 诉讼救济：对行政监督部门处理决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

总结建议：

• 发现标书封面被做记号后，第一时间固定证据（如拍照、录像、保存原始文件），区分记号性质（无意/故意、己方/他人）；
  
• 根据记号影响程度，选择书面说明、配合调查、投诉举报或法律维权等策略；
  
• 避免自行修改标书或销毁证据，否则可能被认定为“掩盖违规行为”，加重法律责任。
  

如有进一步细节（如记号内容、招标文件要求、发现时间等），可补充说明以便更精准分析。