协商好的案件在签了协议后，能否上诉需根据具体情况及法律规定来判断。以下是从不同案件类型和协商阶段出发的详细分析：
一、民事案件
自行和解并撤诉：
- 若双方自行和解后，原告选择撤诉，且没有新情况、新理由，在法定期限内（一般为六个月）不能就同一事实和理由再次起诉。但撤诉本身并不影响上诉权，如果在一审判决后达成和解协议但未撤诉，当事人仍可在上诉期内依法上诉。
法院主持下调解：
- 调解书经双方当事人签收后，具有法律效力，等同于生效判决。一旦调解书生效，就不能再上诉。但若调解违反自愿原则或内容违法，当事人可以申请再审，而非上诉。
一审与二审程序中的和解：
- 在一审中，如果双方达成和解协议，且法院未制作判决书，当事人可以选择撤回上诉，继续诉讼程序。
- 在二审中，如果双方达成和解协议，并制作了调解书，那么原审判决视为撤销，此时不能再上诉。但如果调解书存在错误或违法情况，当事人可以申请再审。
二、刑事案件
自诉案件：
- 自诉人在宣告判决前可以自行和解或撤回自诉。通常情况下，和解或撤诉后不能再上诉。但如果符合特定条件（如出现新证据），自诉人可以再次提起自诉。
公诉案件：
- 刑事和解协议并不影响刑事诉讼程序的正常进行。如果被告人对一审判决不服，可以在法定上诉期内提出上诉。
三、行政案件
- 行政诉讼中一般不适用调解，但行政赔偿、补偿以及行政机关行使自由裁量权的案件可以调解。
- 如果双方达成调解协议并签收了调解书，那么就不能再上诉。如果未达成调解协议，或者在调解书送达前反悔的，人民法院应及时判决。当事人对判决不服的，可以在上诉期内提出上诉。
四、再审途径
- 对于已经生效的判决、裁定或调解书，如果符合法律规定的再审条件（如新证据足以推翻原判决、裁定适用法律错误等），当事人可以申请再审。但再审并非上诉，而是对已经生效的判决、裁定或调解书进行重新审查的一种程序。
总结与建议：
- 协商好的案件能否上诉，取决于案件类型、协商阶段、是否签订书面协议或调解书以及具体的法律规定。
- 在实际操作中，建议根据案件的详细情况和相关法律规定来判断。如果对协商结果或法律程序有疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律建议。