已经灭失的耕地原则上不能办理新的承包经营权登记，但需结合灭失原因、土地现状及现行政策综合判断。以下分情况具体说明：

1. 因自然灾害等不可抗力导致耕地灭失
   若耕地因地震、洪水、泥石流等自然灾害完全毁损且无法恢复原用途，根据《农村土地承包法》及《不动产登记暂行条例》，此类土地通常会被纳入退耕还林/还草范围或调整为其他用途（如建设用地），不再作为耕地承包。此时需由村集体报经乡镇政府审核，经县级自然资源部门确认土地性质变更后，方可办理相应登记（如林地承包经营权或建设用地使用权），但无法直接办理原耕地承包经营权。

2. 因人为破坏或非法占用导致耕地灭失
   若耕地因非法采矿、挖沙、建房等行为被破坏，需先通过行政处罚或刑事追责恢复土地原状。根据《土地管理法》第七十七条，破坏耕地的行为人需承担复垦责任；若无法恢复，需缴纳土地复垦费并补划等量耕地。在土地未恢复或未补划前，无法办理承包经营权登记。若涉及土地权属争议（如村民抢占），需先通过行政调解或诉讼确认权属，再依法登记。

3. 因政策性调整导致耕地灭失
   若耕地因国家征收、集体土地入市等政策原因灭失，根据《民法典》第三百六十一条，集体可收回土地并重新发包。但需注意：

   • 征收需依法完成“公告-补偿-安置”程序，土地性质变为国有后，原承包经营权终止；
     
   • 集体土地入市需经村民会议三分之二以上成员同意，并报县级政府批准，新承包方需通过公开交易程序取得经营权。
     此类情形下，原承包方无权直接要求办理新承包经营权，需按政策参与重新分配或补偿。

4. 特殊情形：耕地灭失但未改变用途
   若耕地因短期淹没（如水库蓄水）、季节性休耕等原因暂时无法耕种，但土地性质仍为耕地，原承包经营权继续有效，无需重新办理登记。但需注意：

   • 承包方需按合同约定履行“防止土地荒芜”义务，否则村集体可要求解除合同；
     
   • 若灭失状态持续超过2年且未恢复，村集体可依法收回土地并重新发包。

建议行动：若您的耕地灭失，请先通过村委会或乡镇自然资源所查询土地现状（如是否被划入生态保护区、征收范围等），再根据具体原因采取以下措施：

• 属不可抗力或政策调整的，关注政府发布的土地调整公告，依法参与新承包分配；
  
• 属人为破坏的，及时向自然资源部门举报并要求恢复土地；
  
• 属权属争议的，收集承包合同、缴费凭证等证据，通过诉讼确认权利。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。