保密协议上使用合同章是可以的，且盖章后协议即生效，具有法律效力。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同章的法律效力
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一规定明确了盖章是合同成立的法定方式之一，且并未限定为特定类型的印章。
合同章的特定性：
- 合同章是企业专门用于签订合同的印章，具有代表企业签订合同的法律效力。在保密协议上加盖合同章，即表明企业对该保密协议内容的认可，使协议成立并具备法律效力。
二、公章与合同章的选择
公章的法律效力：
- 公章作为法人权利的象征，具有最高法律效力，代表公司整体意志。在涉及公司重大商业秘密、核心技术秘密或与公司整体运营和发展密切相关的敏感信息的保密协议中，加盖公章能凸显其重要性和严肃性。
合同章的适用性：
- 合同章更常见于一般的商业合作、业务往来或员工入职等场景下的保密协议。这些协议通常基于具体的合同关系或雇佣关系产生，加盖合同章是恰当且被广泛认可的做法。
选择依据：
- 企业应根据内部管理规定、具体业务情况及协议性质来决定使用公章还是合同章。若公司内部有特别规定要求必须使用公章签订特定类型的合同或协议，或者协议中有特别约定需要使用特定印章的，那么应当按照相关规定或约定来执行。
三、确保保密协议有效性的关键要素
印章的真实性：
- 无论选择公章还是合同章，都必须确保印章的真实性，避免使用伪造或无效的印章。这可以通过比对公司备案的印章样本或向相关部门查询等方式进行验证。
协议内容的合法性：
- 保密协议的内容必须合法合规，不得违反相关法律法规的规定。例如，协议中不能包含侵犯他人合法权益、违反公序良俗等条款。
双方意愿的真实性：
- 协议的签订必须是双方自愿、平等协商的结果，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
遵守法律程序：
- 签订协议时应遵循法定的程序和形式要求，如确保签字盖章的真实性、完整性等。
四、特殊情况下的处理建议
- 如果在签订保密协议过程中遇到任何疑问或不确定的情况，比如公司内部规定与协议约定存在冲突，或者对印章的使用有特别要求等，建议直接向我咨询，以获取准确的指导。我可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助双方顺利签订合法有效的保密协议。
综上所述，保密协议上使用合同章是合法且有效的。但在实际操作中，企业应注意确保印章的真实性、协议内容的合法性以及遵守法律程序等关键要素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。