结论前置：以贪污等违法犯罪所得的货币出资，在公司法层面可能被视为有效，但出资人会面临法律制裁，且违法所得将被追缴。以下从多个角度进行详细分析：
出资行为在公司法层面的有效性
根据《公司法司法解释（三）》的相关规定，若出资人以不享有处分权的财产出资，且该出资行为引发争议，人民法院可参照民法典关于善意取得的规定进行认定。在司法实践中，只要出资的货币本身无权利瑕疵（尽管实际上为违法犯罪所得）、来源不影响出资行为的合法性认定，且经过法定的验资程序并被公司登记机关登记确认，该出资行为在公司法上通常被认定为有效。这意味着公司可以取得出资货币的所有权，出资人也相应获得股东资格及权利。这一规定的目的是保护公司和其他股东利益，避免因个别股东的出资问题影响公司的正常运营和其他股东的权益，同时维护交易安全，确保公司的财产状况稳定，保障交易相对人的利益和市场交易的秩序。
违法犯罪所得出资的法律后果与处理
尽管出资行为在公司法层面可能有效，但违法犯罪所得出资并非没有法律后果。出资人将面临严格的法律制裁和处理措施：
刑事制裁：司法机关将依法追究出资人违法犯罪行为的刑事责任，并根据刑法的相关规定进行定罪量刑。例如，贪污罪、受贿罪等职务犯罪，根据犯罪情节的严重程度，可能面临有期徒刑、无期徒刑甚至死刑的刑罚。
违法所得追缴：根据《刑法》的相关规定，犯罪分子违法所得的一切财物，包括已作为出资投入到公司中的货币，都应予以追缴或责令退赔。追缴时，可能会采取拍卖、变卖出资人持有的公司股权等方式，将所得款项上缴国库或返还被害人。
对股东资格的处理
虽然出资行为在公司法上可能有效，但考虑到违法犯罪的严重性，公司应对出资人的股东资格进行审慎处理。如果出资人的违法犯罪行为导致出资的实质性违法或事实上不可能，公司应不予认可其股东资格。即使出资已经实际投入并验资，也应通过法定程序否定其股东资格，并将其从股东名册中除名。这一处理措施旨在维护公司的合法性和市场交易的秩序，防止违法犯罪行为对公司造成进一步损害。
实际案例与启示
在实际案例中，曾有出资人以贪污所得的货币出资设立公司，并在公司运营过程中获得了相应的股东权益。然而，随着司法机关对贪污犯罪的查处，该出资人的违法所得被追缴，其股东资格也被公司通过法定程序予以否定。这一案例启示我们，以违法犯罪所得出资虽然可能在公司法层面获得一时之“效”，但最终将面临法律制裁和股东资格的丧失。
建议与总结
对于公司而言，在接受出资时，应严格审查出资人的财产来源和合法性，确保所使用的财产来源合法、权属清晰、权能完整。一旦发现出资存在违法犯罪问题，公司应及时采取措施，通过法定程序调整股东资格，以保障公司的合法权益和市场交易的秩序。对于出资人而言，应遵守法律法规，不得以违法犯罪所得进行出资，否则将面临严厉的法律制裁和财产损失。
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