在封闭施工路段内发生的事故，其处理部门主要依据事故的性质和发生地点来确定。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，封闭施工路段在特定条件下仍可能被视为“道路”。根据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百一十九条的规定，“道路”不仅包括公路、城市道路，还包括虽在单位管辖范围但允许社会机动车通行的地方，如广场、公共停车场等用于公众通行的场所。因此，如果封闭施工路段在施工期间仍允许部分或特定车辆通行，或者事故发生在施工路段与正常道路的交界处，那么该事故就可能被视为道路交通事故。

接下来，我们分析事故的处理部门：

1. 如果事故被认定为道路交通事故：

   • 在这种情况下，公安机关交通管理部门将负责事故的处理。他们会进行现场勘查、调查取证、责任认定等工作，并依据相关法律法规对事故责任方进行处罚或调解赔偿事宜。
   • 如果事故涉及车辆投保了机动车交通事故责任强制保险或商业保险，那么保险公司也将根据保险合同的约定承担相应的赔偿责任。

2. 如果事故不被认定为道路交通事故：

   • 这通常发生在施工路段完全封闭，且事故完全发生在封闭区域内，与正常道路无直接关联的情况下。
   • 在这种情况下，事故可能被视为一般侵权事故，处理部门可能涉及施工方、建设单位或相关管理部门。他们需要根据事故的具体情况，依据《中华人民共和国民法典》等法律法规进行责任认定和赔偿处理。

此外，无论事故是否被认定为道路交通事故，施工方都有责任确保施工路段的安全。他们应设置明显的安全警示标志，采取必要的防护措施，以防止事故的发生。如果施工方未尽到这些义务，导致事故发生，他们可能需要承担相应的法律责任。

综上所述，封闭施工路段内事故的处理部门主要取决于事故的性质和发生地点。如果事故被认定为道路交通事故，则由公安机关交通管理部门处理；如果不被认定为道路交通事故，则可能由施工方、建设单位或相关管理部门处理。在任何情况下，施工方都有责任确保施工路段的安全，以防止事故的发生。