结论：应急整改复查意见书写后是否还会罚款，需结合整改情况、违法行为性质及法律规定综合判断，具体分以下两种情况：

1. 整改合格且无其他违法行为：通常不再罚款

若企业在收到应急管理部门（如应急管理局）的《责令限期整改指令书》后，已在规定期限内完成整改，且复查时确认隐患已消除、符合安全标准，同时未发现其他违法行为（如未按规定报告整改情况、拒不整改等），则一般不会被罚款。
法律依据：根据《安全生产法》第六十五条，应急管理部门对检查中发现的安全生产违法行为，有权当场纠正或责令限期改正；若企业按期改正，则不再追究行政处罚责任。

2. 整改不合格或存在其他违法行为：仍可能罚款

若复查时发现企业未完成整改、整改不达标，或存在以下情形，仍可能被罚款：

• 拒不整改：对责令整改的隐患置之不理，或以虚假材料应付复查；
  
• 逾期未改：未在规定期限内完成整改且未申请延期；
  
• 新发现违法行为：复查中同时发现其他安全生产违法行为（如未配备安全设施、未培训员工等）；
  
• 情节严重：违法行为导致事故隐患扩大，或存在主观故意。
  法律依据：根据《安全生产法》第九十九条，对未采取措施消除事故隐患的行为，可处五万元以下罚款；逾期未改的，处五万元以上二十万元以下罚款，并对直接负责的主管人员和其他责任人处一万元以上二万元以下罚款。

关键提醒：

• 整改是核心：复查意见书的核心是确认整改效果，而非直接决定罚款。企业需以“消除隐患”为目标，而非仅应付检查。
  
• 主动沟通：若整改存在困难（如技术、资金问题），可提前向应急管理部门说明情况，申请延期或指导，避免因“拒不整改”被加重处罚。
  
• 留存证据：整改过程中需保留照片、视频、检测报告等材料，复查时提交，证明整改合规性。

如有具体案例或整改细节需进一步分析，可直接向我提问，我会结合实际情况为您详细解答。