在电动车与机动车相撞且双方负同等责任，修车费用总计5000元的情况下，赔偿方式通常如下：

1. 赔偿原则：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法解释，交通事故中双方负同等责任时，通常按照各自过错的比例分担赔偿责任。在此类事故中，一般意味着双方各自承担50%的损失。

2. 具体赔偿计算：

   • 修车费用总计5000元，按照50%的责任比例，双方各自应承担的修车费用为2500元。
   • 计算公式为：\(赔偿金额 = 总修车费用 \times 责任比例\)，即\(5000元 \times 50\% = 2500元\)。

3. 赔偿方式：

   • 双方可以协商确定赔偿方式，如一方直接支付给另一方2500元作为赔偿，或者通过保险公司进行理赔。
   • 如果双方都购买了车辆保险（如交强险和商业险），则可以通过各自的保险公司进行理赔。在这种情况下，双方应各自联系自己的保险公司，按照保险合同的约定进行理赔申请。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果一方未购买保险或保险额度不足，可能需要自行承担超出保险额度的部分费用。
   • 如果事故中存在其他损失（如人身伤害、其他财产损失等），也需要按照相同的责任比例进行分担。但本问题中仅涉及修车费用，因此无需考虑其他损失。

行动建议：

• 双方应首先尝试通过协商解决赔偿问题，以节省时间和成本。
• 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
• 在处理此类事故时，建议保留好相关证据（如事故现场照片、修车发票、交警出具的事故责任认定书等），以便在需要时提供证明。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。