当商业用地被占用时，计算损失的方式需根据占用性质（合法或非法）以及是否存在合同关系来具体分析。以下是对这一问题的详细解答：
一、合法占用情形（如政府征收）
在合法占用的情况下，如政府因公共利益需要征收商业用地，赔偿将主要依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》进行。
房屋价值补偿：
- 补偿金额将按照征收决定公告之日类似房地产的市场价格评估确定，确保不低于该标准。
搬迁与临时安置补偿：
- 征收方将支付搬迁费，并提供临时安置费或周转用房，直至产权调换房屋交付。
停产停业损失补偿：
- 考虑到房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素，具体补偿办法由地方制定。这部分损失通常包括因停产停业导致的直接经济损失，如员工工资、设备折旧等。
操作建议：
- 积极与政府协商，了解补偿政策，确保自身权益得到充分保障。
- 如对补偿方案有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
二、非法占用情形（如他人擅自占用）
在非法占用的情况下，赔偿范围将包括直接经济损失和间接经济损失。
直接经济损失：
- 包括租金损失、经营收入减少等。为证明这些损失，您需要提供租赁合同、经营记录等证据。
间接经济损失：
- 涉及客户流失、商业信誉受损等。虽然举证难度较大，但并非不可能。您需要构建完整的证据链来证明这些损失。
赔偿方式与途径：
- 协商解决：首选与占用者沟通，要求其停止占用并赔偿损失。保留沟通记录作为证据。
- 法律诉讼：若协商无果，可向法院提起民事诉讼，提交充分证据证明侵权事实与损失，请求法院裁决。
注意事项：
- 及时保存现场照片、视频等直接证据，以及间接损失的相关证明材料。
- 寻求专业法律援助，确保诉讼过程合法合规，提高胜诉率。
三、基于合同关系的占用纠纷
如果商业用地被占用是基于合同关系，如租赁合同中的违约行为，那么赔偿将依据合同条款进行。
依据合同约定：
- 首先查阅合同条款，特别是关于违约责任和赔偿的约定，明确双方的权利义务。
处理方式：
- 书面通知：向违约方发送书面通知，要求其履行合同义务并承担赔偿责任。
- 法律途径：若违约方拒绝履行，可通过法律手段解决，向法院起诉要求腾退并赔偿损失。
策略建议：
- 在签订合同时，应明确违约责任和赔偿条款，以预防未来纠纷。
- 一旦发生纠纷，及时咨询律师，采取有效措施保护自身权益。
总结
商业用地被占用时的损失计算需根据占用性质及合同关系等因素综合考虑。无论何种情况，都应积极收集证据，明确侵权主体与侵权行为，并采取合适的措施维护自身合法权益。在必要时，寻求专业法律援助是确保获得公正赔偿的关键。希望这些建议能对您有所帮助。