自然人与法人合作经营是一个涉及多方面法律程序的复杂过程，为了确保合作的合法性和顺利进行，以下是需要完善的法律程序及要点：

一、前期准备与协议签订

1. 明确合作意向与条件：自然人与法人应首先明确合作的具体意向，包括投资或合作条件、收益或产品的分配、风险和亏损的分担等核心条款。

2. 签订合作协议：在明确合作意向后，双方应签订详细的合作协议，协议中应包含上述核心条款，并明确双方的权利和义务。合作协议是后续合作的基础，务必确保内容完整、合法、有效。

二、申请设立合作企业

1. 提交申请文件：根据《中华人民共和国中外合作经营企业法》（虽为中外合作，但部分原则适用于国内自然人与法人合作）及相关规定，自然人与法人合作设立企业，需将合作协议、合同、章程等文件报相关部门审查批准。这些文件应详细阐述合作企业的设立目的、经营范围、组织结构、管理方式等。

2. 审查批准：审查批准机关（如国务院对外经济贸易主管部门或其授权的部门和地方政府）将在接到申请之日起一定期限内（如四十五天）决定是否批准。批准后，将颁发批准证书。

三、工商登记与税务登记

1. 工商登记：设立合作企业的申请经批准后，应自接到批准证书之日起一定期限内（如三十天）向工商行政管理机关申请登记，领取营业执照。营业执照的签发日期为企业的成立日期。

2. 税务登记：合作企业应自成立之日起一定期限内（如三十天）向税务机关办理税务登记，以便依法纳税。

四、经营管理与合规运营

1. 设立管理机构：合作企业应设立董事会或联合管理机构，负责决定企业的重大问题。管理机构的成员应由双方协商确定，并确保管理活动的合法性和合规性。

2. 遵守法律法规：合作企业必须遵守中国的法律、法规，不得损害中国的社会公共利益。同时，应接受国家有关机关的监督和管理。

3. 财务与会计：合作企业应在中国境内设置会计帐簿，依照规定报送会计报表，并接受财政税务机关的监督。确保财务活动的透明度和合规性。

五、变更与终止程序

1. 合同变更：若合作期限内双方协商同意对合作企业合同作重大变更，应报审查批准机关批准，并办理相关变更登记手续。

2. 企业终止：合作企业期满或提前终止时，应依照法定程序对资产和债权、债务进行清算。清算完成后，应向工商行政管理机关和税务机关办理注销登记手续。

六、争议解决机制

在合作过程中，若双方发生争议，应首先通过协商或调解解决。若协商或调解不成，可以依照合作企业合同中的仲裁条款或事后达成的书面仲裁协议提交仲裁机构仲裁。若没有仲裁条款或书面仲裁协议，则可以向中国法院起诉。

综上所述，自然人与法人合作经营需要完善的法律程序包括前期准备与协议签订、申请设立合作企业、工商登记与税务登记、经营管理与合规运营、变更与终止程序以及争议解决机制。务必确保每一步都符合法律法规的要求，以保障合作的合法性和顺利进行。