合作协议的生效时间，主要取决于协议中双方的约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：

一、协议约定优先

1. 明确约定生效时间：

   • 如果合作协议中明确约定了生效时间，如“本协议自双方签字盖章之日起生效”或“本协议自XXXX年XX月XX日起生效”，则按照该约定执行。
   • 这种约定方式最为明确，能够避免后续因生效时间产生的争议。

2. 未明确约定生效时间：

   • 如果合作协议中未明确约定生效时间，则通常认为协议自双方签字盖章之日起生效。
   • 这是因为签字盖章是双方对协议内容的确认和接受，是协议成立并生效的标志。

二、法律法规规定

1. 一般规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效。
   • 合作协议作为一种合同，其生效时间也应遵循这一原则。

2. 特殊规定：

   • 如果合作协议涉及需要办理批准、登记等手续才能生效的情形，则应按照相关法律法规的规定执行。
   • 例如，某些特定行业的合作协议可能需要经过相关部门的批准或登记后才能生效。

三、实际履行对生效时间的影响

1. 实际履行视为生效：

   • 在某些情况下，即使合作协议未明确约定生效时间，且未办理相关批准、登记手续，但双方已经开始实际履行协议内容的，也可以视为协议已经生效。
   • 这是因为实际履行行为表明了双方对协议内容的认可和接受。

2. 注意风险：

   • 然而，依赖实际履行来确认协议生效时间存在一定的风险。
   • 如果在协议履行过程中出现争议，且协议未明确约定生效时间，则可能因生效时间问题而引发进一步的法律纠纷。

四、建议

1. 明确约定生效时间：

   • 为了避免后续因生效时间产生的争议，建议在合作协议中明确约定生效时间。
   • 这样可以确保双方对协议的生效时间有明确的预期和认知。

2. 遵守法律法规：

   • 在约定生效时间时，应遵守相关法律法规的规定。
   • 如果协议涉及需要办理批准、登记等手续才能生效的情形，则应按照相关法律法规的规定执行。

3. 及时咨询专业律师：

   • 如果在合作协议的签订和履行过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师。
   • 律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助双方更好地维护自身权益。

如有任何关于合作协议生效时间或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。