工程预付款是否包含农民工工资性工程款，主要取决于工程合同的约定，但根据常规做法及法律法规，工程预付款中通常应包含用于支付农民工工资的部分。以下是对这一问题的详细解答：

一、工程预付款与农民工工资的关联

工程预付款是发包方在工程开始前或初期支付给承包方的一笔费用，用于覆盖工程初期的各项开支，包括但不限于材料采购、设备租赁以及人工费用等。其中，人工费用是支付给参与工程建设劳动者的报酬，而农民工作为一线施工的重要力量，其工资自然构成人工费的重要组成部分。因此，在常规做法下，工程预付款中应包含用于支付农民工工资的部分。

二、工程预付款的构成与法律保障

1. 工程预付款的构成：

   • 工程预付款通常包括直接费（如人工费、材料费、施工机械使用费等）和间接费（如企业管理费、规费等）的一部分或全部，具体取决于合同约定。
   • 人工费中，农民工工资是重要组成部分，应确保在工程预付款中得到体现。

2. 法律保障：

   • 国家出台了《保障农民工工资支付条例》等法律法规，明确规定建设单位应按照合同约定及时拨付工程款，并特别强调将人工费用及时足额拨付至农民工工资专用账户。
   • 这些法规确保了农民工工资在工程款中的优先地位，即使工程预付款也需遵循这一原则。

三、合同约定的重要性

尽管从常规做法和法律层面看，工程预付款应包含农民工工资，但具体是否包含还需依据工程合同的明确约定。合同应清晰界定工程预付款中是否已包含农民工工资，以及具体的支付方式和时间。若合同未明确或排除农民工工资部分，则可能导致后续的工资支付纠纷。

四、实践中的操作建议

1. 合同签订时：

   • 发包方与承包方应就工程预付款的具体构成进行明确约定，特别是关于农民工工资的支付条款。
   • 确保合同中明确工程预付款包含农民工工资，并规定具体的支付方式和时间。

2. 合同履行中：

   • 建设单位应按时足额拨付工程预付款，并监督施工总承包单位按照约定将人工费用拨付至农民工工资专用账户。
   • 定期检查农民工工资支付情况，确保工资按时足额发放。

3. 纠纷解决时：

   • 若因工程预付款支付问题引发农民工工资拖欠，应首先依据合同条款进行协商。
   • 协商不成时，可依法通过诉讼或仲裁途径解决争议，确保农民工的合法权益得到保障。

综上所述，工程预付款通常应包含农民工工资性工程款，但具体是否包含需以合同约定为准。为确保农民工的合法权益得到保障，各方应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保农民工工资能够按时、足额发放。