面对建设单位不配合调查的情况，您可以根据实际情况，依次采取沟通协商、合同约束、行政监管及法律途径等多种措施来应对。以下是从不同角度给出的具体分析和建议：
一、沟通协商层面
正式沟通：
- 首先，尝试与建设单位进行正式、面对面的沟通。明确表达调查的目的、重要性和必要性，以及建设单位配合调查的法律义务和责任。
- 了解建设单位不配合的具体原因，可能是对调查程序不了解、有顾虑或存在其他误解。针对这些原因，进行详细的解释和说明，以消除其顾虑。
书面催告：
- 若正式沟通效果不佳，可以向建设单位发送正式的书面催告函。函件中应详细列明调查的要求、时间、地点以及需要提供的资料或配合的事项。
- 明确告知不配合调查可能带来的不利后果，如影响项目进度、可能导致法律责任等。
二、合同约束层面
依据合同条款：
- 仔细审查与建设单位签订的合同中关于配合调查的条款。若合同明确约定了建设单位有配合调查的义务以及违反该义务的违约责任，您可以依据合同条款要求建设单位承担违约责任。
- 违约责任可能包括支付违约金、赔偿损失等。在要求建设单位承担违约责任时，应确保您的要求有合同依据，并保留好相关证据。
暂停相关流程：
- 如果合同中有关于调查完成后才能进行下一步流程的约定，且建设单位拒不配合调查，您可以根据合同规定暂停相关流程，如工程验收、款项支付等。
- 暂停相关流程应严格按照合同约定进行，并及时告知建设单位暂停的原因、依据以及配合调查后恢复流程的时间安排。
三、行政监管和法律途径层面
寻求行政监管部门协助：
- 若建设单位不配合调查的行为较为严重，您可以向当地建设行政主管部门或相关监管部门反映情况。
- 这些部门有权对建设单位进行监管和处罚，可通过行政手段要求其履行配合调查的义务。在反映情况时，应提供详细的证据和材料，以支持您的主张。
提起诉讼或申请仲裁：
- 在沟通协商、合同约束以及行政监管等手段均无效的情况下，您可以考虑通过法律途径解决。
- 根据合同中的仲裁条款或法律规定，向约定的仲裁机构申请仲裁或向有管辖权的人民法院提起诉讼，要求建设单位履行配合调查的义务，并赔偿因不配合调查给您造成的损失。
- 在提起诉讼或申请仲裁前，应准备好相关证据和材料，并咨询专业律师以确保您的权益得到充分保障。
四、其他建议
- 保持冷静和理性：在处理建设单位不配合调查的问题时，应保持冷静和理性，避免情绪化或过激的行为。
- 寻求专业支持：如果您在处理过程中遇到复杂法律问题或难以解决的情况，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和指导。
面对建设单位不配合调查的情况，您应根据具体情况采取不同的应对措施。坚持依法办事、合情合理的原则，确保调查工作的顺利进行。同时，也要注意保护自己的合法权益，避免因建设单位的不配合而遭受不必要的损失。