协议单位使用合同专用章盖章，一般情况下是有效的，但具体是否影响协议效力需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同专用章的法律效力
合同专用章是单位在签订合同时专门使用的印章，它代表了单位在合同签订方面的真实意思表示。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。因此，使用合同专用章在协议上盖章，通常意味着单位对协议内容的认可和接受，具有法律效力。
二、可能影响协议效力的情形
尽管合同专用章具有法律效力，但在某些特定情况下，使用合同专用章盖章可能会影响协议的效力：
印章使用不当：如果单位在盖章时存在欺诈、胁迫等违法行为，或者盖章行为并非单位真实意思表示（如印章被盗用、滥用等），那么该盖章行为可能被视为无效，从而影响协议的效力。
协议内容违法：如果协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么即使使用了合同专用章盖章，该协议也可能被认定为无效。
印章与单位名称不符：如果合同专用章上的单位名称与协议中的单位名称不一致，或者印章存在伪造、变造等情况，那么该盖章行为可能无法证明单位的真实意思表示，从而影响协议的效力。
三、建议与注意事项
确保印章真实有效：在签订协议前，应核实对方使用的合同专用章是否真实有效，可以通过查询单位印章备案信息、要求对方提供印章使用证明等方式进行核实。
审查协议内容：在签订协议前，应仔细审查协议内容是否合法、合规，是否违背公序良俗，以确保协议的效力。
保留证据：在签订协议时，应妥善保留相关证据，如协议原件、盖章记录、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
及时咨询专业律师：如果对协议效力存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师，以便获得更具体、更专业的法律建议。
如有任何合同纠纷方面的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律解答。