检察院在非法行医案件中，医疗损害鉴定结论存在因果关系参与度50%时，通常会根据以下逻辑进行处理：

1. 审查非法行医的犯罪构成要件
   检察院首先会确认行为人是否构成非法行医罪。根据《刑法》第336条，非法行医需满足“未取得医生执业资格”且“情节严重”两个要件。若鉴定结论显示医疗行为与损害结果存在50%因果关系，说明行为人的非法行医行为与损害后果具有直接关联性，这将成为认定犯罪的重要依据。

2. 评估因果关系参与度对量刑的影响
   50%的参与度表明损害结果由行为人的非法行医行为与被害人自身因素（如体质、病情等）共同导致。根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，检察院在提起公诉时，会将此作为量刑情节考虑。例如：

   • 若行为人存在其他加重情节（如使用假药、器械），可能建议法院从重处罚；
     
   • 若行为人主动赔偿、认罪认罚，可能建议从宽处理。
     但需注意，因果关系参与度不直接等同于责任比例，法院最终会综合全案证据确定刑事责任。

3. 区分刑事责任与民事赔偿的界限
   检察院在刑事诉讼中主要关注犯罪构成与量刑，而民事赔偿部分（如医疗费、残疾赔偿金等）需通过附带民事诉讼或单独民事诉讼解决。根据《民法典》第1218条，医疗机构或医务人员因过错造成患者损害的，应承担赔偿责任。在非法行医案件中，50%的参与度可能成为法院划分民事赔偿比例的参考，但最终赔偿金额还需结合双方过错程度、损害后果等因素综合判定。

4. 建议补充证据或进一步调查的情形
   若鉴定结论存在争议（如参与度比例是否合理），检察院可能要求补充鉴定或调取其他证据（如病历、监控录像等），以完善证据链。例如：

   • 若行为人谎称有执业资格，需核实其宣传内容；
     
   • 若被害人存在隐瞒病情的情况，需调查其既往病史。
     

总结：检察院在处理此类案件时，会以鉴定结论为重要参考，但不会仅凭参与度比例直接定案，而是会结合全案证据综合判断犯罪构成、量刑情节及民事赔偿问题。若您有具体案件细节需要进一步分析，可直接向我咨询。