医疗机构若药品储存位置不在备案场所，将面临行政处罚，具体处罚措施需根据违规情节的严重程度来确定。以下从不同角度分析可能面临的处罚及法律依据：
行政处罚的种类与依据
根据《中华人民共和国药品管理法》第一百二十六条，若医疗机构未按规定储存药品（如储存位置与备案场所不符），药品监督管理部门将责令改正，给予警告；若拒不改正，则处十万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，可能面临五十万元以上二百万元以下的罚款，甚至责令停产停业整顿，直至吊销药品经营许可证。
关键点：处罚力度与违规情节（如是否造成药品质量风险、是否拒不整改）直接相关。
情节严重的认定标准
若药品储存位置不当导致药品变质、失效，或存在其他可能危害公众健康的情形，可能被认定为“情节严重”。例如，将需冷藏的药品储存在常温环境中，或未采取防潮、防虫措施导致药品污染，均可能触发更严厉的处罚。
提示：医疗机构需定期自查药品储存条件，确保与备案要求一致。
整改与责任追究
监管部门发现违规后，会首先要求医疗机构限期整改。若逾期未改，处罚将升级。此外，若违规行为涉及直接责任人（如药房管理人员），可能面临个人处罚，包括罚款或行业禁入。
建议：医疗机构应建立药品储存管理制度，明确责任人，并留存温度、湿度等监测记录以备查验。
特殊情形：疫苗等高风险药品
若涉及疫苗、血液制品等特殊管理药品，处罚将更严格。根据《疫苗管理法》，违规储存疫苗可能面临货值金额十倍以上五十倍以下的罚款，甚至追究刑事责任。
提醒：此类药品需严格遵循专用储存规范，不得与其他药品混放。
总结：医疗机构需确保药品储存位置与备案一致，否则可能面临警告、罚款、停业整顿甚至吊销许可证的处罚。若涉及高风险药品或造成严重后果，处罚将进一步加重。建议定期自查并完善管理制度，避免违规风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。