旷工扣三倍工资的做法是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条： 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保障了劳动者的工资权益，禁止用人单位任意扣减工资。

2. 《工资支付暂行规定》第十六条： 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣除工资的额度，确保劳动者的基本生活需求不受影响。

3. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条： 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。这一条款进一步强调了用人单位支付劳动报酬的义务，并提供了劳动者维护自身权益的途径。

二、合理性分析

从合理性角度看，旷工扣三倍工资的做法过于苛刻。旷工主要违反的是劳动纪律，而非直接造成等同于三倍工资的经济损失。用人单位在制定规章制度时，应充分考虑其合理性和公平性，避免制定过于苛刻或不合理的条款。

三、实际操作中的注意事项

1. 扣除当日工资： 对于旷工的员工，用人单位通常应只扣除当天工资作为惩戒，而不是三倍工资。这是符合法律法规和公平原则的做法。

2. 行政处分： 除了经济处罚外，用人单位还可以依据公司规章制度进行行政处分，如警告、记过等，直至解除劳动合同。这些行政处分措施应依法依规进行，确保公正性和合理性。

3. 经济损失赔偿： 如果旷工行为确实给用人单位造成了经济损失，并且双方在劳动合同中有明确约定，用人单位可以要求劳动者进行赔偿。但赔偿金额和扣除工资的总额不得超过劳动者当月工资的20%，且要保证扣除后不低于当地月最低工资标准。

四、劳动者权益保护

如果劳动者认为用人单位旷工扣三倍工资的做法侵犯了其合法权益，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其纠正不合理的扣薪行为。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自身权益。

总结与建议：

旷工扣三倍工资的做法违反了相关法律法规的规定，损害了劳动者的合法权益。用人单位应依法依规处理员工的旷工问题，确保处理的公正性和合理性。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到不合理扣款时及时与用人单位沟通协商或寻求法律途径维护自己的合法权益。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。