当公司已经进入破产程序，但仍有仲裁事项未了结时，可以按照以下方式处理：
仲裁程序的继续与中断
- 继续进行：根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，公司进入破产程序后，并不意味着所有未决的仲裁程序都会自动中断。如果仲裁事项与破产财产无关，或者仲裁事项的解决对于破产程序的推进有重要意义，那么仲裁程序通常会继续进行。
- 中断情形：然而，如果仲裁事项直接涉及破产财产的分配、债务清偿等核心问题，且该仲裁的进行可能会影响破产程序的公平、公正进行，那么根据法院或破产管理人的申请，仲裁程序可能会被中断或暂停，待破产程序中的相关问题解决后再恢复进行。
破产管理人的角色与职责
- 接管公司：在公司进入破产程序后，破产管理人会接管公司，负责处理公司的日常事务和财产管理。这包括代表公司参与仲裁程序，维护公司的合法权益。
- 决策参与：破产管理人在仲裁程序中具有决策权，可以根据破产程序的进展和公司的利益，决定是否继续仲裁、是否接受调解或和解等。
仲裁结果对破产程序的影响
- 债务确认：如果仲裁结果确认了公司对某方的债务，那么这笔债务将纳入破产程序的债务清偿范围，按照破产法的规定进行清偿。
- 财产分配：仲裁结果还可能影响破产财产的分配方案。例如，如果仲裁确认了公司对某项财产的所有权或使用权，那么这项财产将纳入破产财产进行分配。
实际操作建议
- 及时沟通：公司（或破产管理人）应及时与仲裁机构沟通，说明公司已进入破产程序的情况，以便仲裁机构根据实际情况作出合理安排。
- 准备材料：准备并提交与破产程序相关的文件材料，如破产申请书、法院受理破产申请的裁定书、破产管理人任命书等，以便仲裁机构了解公司的破产状况。
- 参与仲裁：积极参与仲裁程序，维护公司的合法权益。如果认为仲裁程序可能影响破产程序的公平、公正进行，可以及时向法院或破产管理人提出申请，请求中断或暂停仲裁程序。
若公司在破产程序中遇到仲裁事项，应首先明确仲裁事项的性质和影响，然后与破产管理人、仲裁机构进行充分沟通，确保仲裁程序的顺利进行，并维护公司的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。