公司员工作为诉讼代理人，一般情况下是不可以申请调查令的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
一、诉讼代理人的身份与权限
在民事诉讼中，诉讼代理人通常分为法定代理人和委托代理人。法定代理人是基于法律的规定，代理无诉讼行为能力的当事人进行诉讼的人。而委托代理人则是基于当事人的授权，代为进行诉讼行为的人。无论是法定代理人还是委托代理人，其权限均来源于法律的规定或当事人的授权，且通常限于诉讼程序中的行为，如提交证据、陈述事实、进行辩论等。
二、调查令的申请主体
调查令是法院为了查明案件事实，向有关单位或个人发出的要求其协助调查并出具相关证明材料的法律文书。根据我国相关法律规定及司法实践，调查令的申请主体通常是案件的当事人或其特别授权的诉讼代理人。这里的“特别授权”通常指的是当事人明确授权诉讼代理人代为进行包括申请调查令在内的特定诉讼行为。
三、公司员工作为诉讼代理人的限制
权限限制：公司员工作为诉讼代理人，除非得到当事人的特别授权，否则其权限通常不包括申请调查令。这是因为申请调查令涉及到对案件事实的深入调查，可能涉及第三方权益，需要更高的授权级别。
身份与利益关联：公司员工作为诉讼代理人，可能与其所代表的公司存在利益关联。这种关联可能影响其在申请调查令时的客观性和公正性，因此法院在审查此类申请时可能会更加谨慎。
四、特殊情况下的考虑
尽管一般情况下公司员工作为诉讼代理人不能申请调查令，但在某些特殊情况下，如当事人明确授权且法院认为有必要的情况下，公司员工可能获得申请调查令的权限。然而，这种情况较为罕见，且需要满足严格的法律条件和程序要求。
五、建议与注意事项
明确授权：如果公司希望员工作为诉讼代理人并申请调查令，应当在授权委托书中明确写明相关权限，以便员工在诉讼过程中能够合法、有效地行使权利。
咨询专业律师：在涉及复杂诉讼程序或需要申请调查令的情况下，建议公司咨询专业律师以获取更准确、全面的法律建议。
遵守法律程序：无论是否获得申请调查令的权限，公司员工作为诉讼代理人都应当严格遵守法律程序和规定，确保诉讼行为的合法性和有效性。
综上所述，公司员工作为诉讼代理人一般情况下是不可以申请调查令的，除非得到当事人的特别授权且满足相关法律条件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。