宅基地上房屋合法但改变使用用途是否违法，需分情况讨论：

1. 改变用途违反规划或土地性质：违法

• 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第五十六条，建设单位使用国有土地或农村集体土地时，必须按照土地使用权出让合同、划拨批准文件或宅基地审批规定使用土地。确需改变用途的，需经自然资源主管部门同意，并报原批准用地的人民政府批准。
• 具体情形：
  • 若宅基地规划用途为住宅，但房屋被改为商业经营（如开餐馆、商店）、工业生产（如加工厂）等非住宅用途，且未履行审批手续，则属于违法。
  • 若改变用途涉及破坏土地耕作层（如将宅基地改为停车场导致土壤硬化），可能违反《土地管理法》中关于“保护耕地”的规定。
• 法律后果：可能面临责令限期改正、没收违法所得、罚款（如按非法所得50%以下罚款），甚至强制恢复土地原状。

2. 改变用途符合规划且不违反土地性质：可能合法

• 例外情形：
  • 内部功能调整：若房屋仍用于居住，但内部结构调整（如将客厅改为书房、卧室改为影音室），通常不视为违法。
  • 附属设施建设：在宅基地范围内增建附属设施（如车库、储物间），且符合当地规划要求，一般允许。
  • 农村产业融合：部分地区允许宅基地上房屋用于农村电商、民宿等与农业相关的经营活动，但需满足以下条件：

       1. 取得村委会或乡镇政府书面同意；
       2. 不改变宅基地所有权性质；
       3. 符合当地乡村规划或土地利用总体规划。
    

• 操作建议：即使符合上述条件，也建议提前向自然资源部门咨询并办理备案手续，避免后续纠纷。

3. 特殊主体改变用途：需额外审批

• 企业或合作社使用：若宅基地上房屋由企业、合作社等主体使用，需满足：
  • 房屋用途与农业生产经营相关（如农产品加工、仓储）；
  • 取得集体经济组织成员大会2/3以上成员同意；
  • 报县级人民政府批准。
• 法律风险：未经批准擅自改变用途，可能被认定为“以租代征”等违法行为，导致合同无效或行政处罚。

4. 历史遗留问题处理

• 2019年《土地管理法》修订前：部分地区对宅基地用途管理较宽松，若房屋改变用途行为发生在修订前，且未引发纠纷，可能按“从旧兼从轻”原则处理。
• 2019年后：需严格遵守现行规定，即使历史行为未被查处，也可能因新规实施而面临整改要求。

行动建议

1. 自查规划与土地性质：向乡镇政府或自然资源部门查询宅基地规划用途及土地性质（如是否为基本农田）。
2. 办理审批手续：若需改变用途，准备材料（如申请书、规划图、村委会意见）向县级自然资源部门申请。
3. 签订书面协议：若涉及出租或合作经营，明确用途限制及违约责任，避免口头约定。
4. 咨询专业律师：针对复杂情形（如涉及集体资产、跨区域经营），建议委托律师协助办理审批或起草合同。

总结：宅基地上房屋合法不等于可以随意改变用途，是否违法需结合规划、土地性质、审批程序综合判断。建议优先通过合法途径调整用途，降低法律风险。如有具体案例，可进一步提供细节，我将为您定制解决方案。