公司对员工请假、迟到的处理需依据公司规章制度、劳动合同及法律法规综合判断，具体处理方式如下：

1. 请假处理

   • 合规性审查：公司需制定明确的请假制度（如请假流程、审批权限、假期类型及天数），并通过民主程序（如职工代表大会）公示或告知员工。若制度未公示或违反法律强制性规定（如未保障法定假期），可能被认定为无效。
     
   • 处理方式：
     
     • 符合制度：按制度批准假期，可能扣除对应工资（如事假无薪，病假按比例支付）。
       
     • 违反制度：若员工未履行请假手续或虚假请假，公司可依据制度给予警告、扣薪甚至解除劳动合同（需证明“严重违反规章制度”）。
       
   • 法律风险点：病假需员工提供医疗机构证明，公司不得随意拒绝；女职工产假、婚假等法定假期，公司必须批准且不得扣薪。

2. 迟到处理

   • 制度依据：公司可规定迟到次数与处罚的对应关系（如每月迟到3次以内扣绩效，超过3次警告或解除合同），但需合理且公示。
     
   • 处理方式：
     
     • 轻微迟到：可扣减部分绩效工资（需在劳动合同或制度中明确扣款标准，且扣款后工资不得低于当地最低工资标准）。
       
     • 严重迟到：若员工多次迟到且拒不改正，公司可依据制度以“严重违纪”解除劳动合同（需证明迟到行为已达到“严重”程度，如影响生产、造成损失等）。
       
   • 法律风险点：扣款需合理，不得变相克扣工资；解除合同需符合《劳动合同法》第39条，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金。

3. 综合建议

   • 制度完善：公司应制定合法、合理、公示的规章制度，明确请假、迟到的处理流程及后果。
     
   • 程序合规：处理员工时需留存证据（如请假记录、迟到打卡记录、警告通知等），并履行告知义务（如书面通知员工处理结果）。
     
   • 灵活处理：对特殊情况（如突发疾病、交通意外）可酌情宽容，避免机械执行制度引发劳动争议。
     

若公司处理方式存在争议，员工可能通过劳动仲裁主张权益，建议公司谨慎操作。如有具体案例或细节需要分析，可直接向我咨询。