结论：在刑事案件中，若事实不清但行为人自愿补偿受害人精神赔偿，该款项是否需要归还，需根据具体情况判断，一般无需归还，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、自愿补偿的性质与法律效果
自愿补偿通常被视为行为人对受害人的一种民事赔偿行为，旨在弥补受害人因案件可能遭受的精神损害或其他损失。在刑事案件中，即使案件事实不清，行为人自愿作出的补偿，若未违反法律强制性规定或公序良俗，一般具有法律效力。这种补偿行为可以视为行为人对自身可能承担的法律责任的一种预判和承担，体现了行为人的自愿性和责任感。
法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，不得违反法律，不得违背公序良俗。自愿补偿行为若符合这一原则，即具有合法性。
二、无需归还的常见情形
补偿协议合法有效：若行为人与受害人之间就精神赔偿达成了合法有效的协议，且该协议未违反法律强制性规定或公序良俗，那么行为人已支付的补偿款一般无需归还。
补偿行为未损害第三方利益：若行为人的补偿行为未损害国家、集体或第三方的利益，且未导致社会公共利益受损，那么该补偿行为应得到法律的保护。
受害人无过错或过错较小：在案件事实不清的情况下，若受害人无过错或过错较小，且行为人自愿作出补偿，那么从公平和正义的角度出发，该补偿款一般无需归还。
三、需要归还的例外情形
补偿行为存在欺诈、胁迫等情形：若行为人的补偿行为是在欺诈、胁迫等非法手段下作出的，那么该补偿行为可能无效，受害人或行为人（若其事后反悔）有权要求归还补偿款。
补偿金额远超实际损失：若行为人支付的补偿金额远超受害人实际遭受的精神损害或其他损失，且该超额部分无法得到合理解释或证明，那么从公平原则出发，超额部分可能被视为不当得利，需要归还。
后续查明行为人无罪或罪轻：若后续查明行为人实际上无罪或罪轻，且其之前支付的补偿款是基于对案件事实的误解或误判，那么行为人可能有权要求部分或全部归还补偿款。但这一情形需要具体分析，因为即使行为人无罪或罪轻，其自愿补偿的行为也可能被视为一种道德上的承担或和解意愿。
四、法律建议与风险提示
保留相关证据：无论是行为人还是受害人，都应保留与补偿行为相关的所有证据，如补偿协议、转账记录、沟通记录等，以备不时之需。
咨询专业律师：在涉及复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。虽然我作为张鑫律师可以提供专业的法律咨询，但每个案件都有其独特性，需要具体分析。
谨慎处理补偿事宜：在案件事实不清的情况下，行为人应谨慎处理补偿事宜，避免因一时冲动或误解而作出不合理的补偿决定。同时，受害人也应理性看待补偿行为，不要过分追求高额赔偿而忽视案件的实际情况和法律原则。
最后，若您在此类问题上仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供更详细、更专业的法律意见。