结论：在起诉离婚时，父亲在购房时出的几万块钱是否被认可，取决于该款项的性质认定，即该款项是赠与还是借款。
一、若款项被认定为赠与
一般情况：
- 根据相关法律实践，婚后父母为双方购置房屋出资的，若无其他证据表明该款项为借款，法院一般会认定为父母对双方的赠与。这意味着，该款项将视为夫妻共同财产的一部分，在离婚时，房产作为共同财产进行分割，但分割时会考虑出资情况，可能会在平分的基础上适当照顾出资多的一方。不过，这一处理方式在实践中存在争议，部分法院可能会从公平角度出发，倾向于将该款项视为个人财产的贡献，但这并非绝对。
特殊情况：
- 如果父母在出资时明确表示该款项仅赠与给自己的子女（即购房者中的一方），并且有相关证据（如书面赠与协议）支持，那么该款项可能不会被视为夫妻共同财产，而是个人财产。在这种情况下，离婚时该款项对应的房产部分可能不会被分割。
二、若款项被认定为借款
借款认定条件：
- 如果当时的出资行为订立了借据、借款合同，并且实践中需要三方（父母、子女及配偶）签字确认，那么该款项被认定为借款的可能性较大。
法律后果：
- 若款项被认定为借款，则该房产仍为夫妻共同财产，离婚时双方平均分割。但同时，该借款将被认定为夫妻共同债务，需要双方共同偿还。这意味着，虽然房产被分割，但双方仍需共同承担还款责任。
三、建议与注意事项
证据收集：
- 无论款项是赠与还是借款，收集相关证据都至关重要。对于赠与，可以收集父母出资时的书面赠与协议或相关声明；对于借款，则需要收集借据、借款合同以及三方签字的证据。
法律咨询：
- 由于每个案件的具体情况都不同，且法律实践可能因地区和法院而异，因此建议在起诉离婚前咨询专业律师，以获取更具体和个性化的法律建议。
协商解决：
- 在可能的情况下，双方可以尝试通过协商解决房产分割和债务承担问题。这不仅可以节省时间和金钱，还可以减少双方之间的冲突和矛盾。
最后，如果您在房产分割或债务承担方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议。