协议没有签字但已履行，其有效性需根据具体情况判断，通常原则下未签字的协议不发生法律效力，但在特定情形下可能依然有效。以下是对此问题的详细分析：

通常原则

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，如果协议明确要求签字生效，而当事人没有签字，则双方还未就协议内容达成最终的意思表示一致，协议通常没有成立，因此不具有法律效力。简而言之，只有双方当事人都签字或盖章后，协议才正式成立并具备法律效力。

实际履行导致协议有效

然而，存在一些特殊情形使得未签字的协议也能产生法律效力。其中最常见的是“实际履行”原则。即使协议没有签字，但如果一方当事人已经按照协议约定履行了主要义务，并且另一方也接受了这种履行，那么法律上会认为合同已经成立并生效。例如，甲、乙双方拟签订一份货物买卖合同，虽然还未来得及签字，但甲已按照约定向乙交付了货物，且乙接收了货物。在这种情况下，即便合同未签字，该货物买卖合同依然被视为有效。

法定或约定的其他生效方式

此外，如果法律、行政法规规定或者当事人约定了协议的其他生效方式，而不局限于签字，那么只要满足这些特定条件，协议也可能生效。例如：

• 电子合同：根据《中华人民共和国民法典》及《电子签名法》的规定，能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式；可靠的电子签名与手写签名或者盖章具有同等的法律效力。在一些线上交易平台，用户通过点击“同意”按钮等方式表示对合同条款的认可，系统生成的电子记录可以作为合同成立的依据。只要电子签名符合法律规定的可靠性要求，如电子签名制作数据属于电子签名人专有、签署时电子签名制作数据仅由电子签名人控制等，那么即使没有传统的签字或盖章，电子合同也具有法律效力。
• 补充协议或约定：双方可以约定协议自公证之日起生效，或者自某一方完成特定行为（如支付定金）时起生效。在这些情况下，即使协议未签字，但只要完成了约定的生效条件，协议同样具有法律效力。

特殊情形的处理

需要注意的是，对于某些特定的协议类型，如需要办理批准、登记等手续才能生效的协议，必须严格按照法律或行政法规的规定来执行。这类协议即使双方签字，如果没有完成法定的批准或登记手续，仍然不具备法律效力。

建议与措施

1. 补签协议：如果发现协议因未签字而存在效力瑕疵，最直接的解决办法就是尽快安排双方当事人补签协议。补签时，要确保双方在协议上亲笔签名、盖章或者按指印，以符合合同成立的形式要件。
2. 确认实际履行情况：当无法补签协议时，应仔细审查双方是否已经实际履行了协议的主要内容。如果一方已经履行了主要义务，且对方也接受了履行，那么可以收集相关的证据来证明合同的实际履行情况，以此主张合同已经成立并生效。
3. 协商达成补充协议：若原协议存在部分内容不明确或不完善的情况，导致双方对协议的效力或履行存在争议，可以尝试通过协商达成补充协议。补充协议可以对原协议的内容进行进一步明确、修改或补充，以解决双方的分歧。

在实际操作中，建议当事人在签订协议前仔细审查相关法律法规和协议条款，确保协议的合法性和有效性。同时，在协议履行过程中也要保持沟通与协商，及时处理可能出现的争议和问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。