结论概述：在原告提交宅基地转让协议，而被告违约并侵占部分宅基地的情况下，实际的法律关系主要涉及宅基地转让协议的效力、被告的违约责任以及侵占宅基地的法律后果。以下是对这些法律关系的详细分析。
一、宅基地转让协议的效力
协议的有效性：
- 根据《民法典》及相关法律法规，宅基地使用权可以依法转让，但需满足一定条件，如转让方需拥有合法的宅基地使用权，且转让行为需符合当地政府的规划和土地管理要求。
- 若宅基地转让协议是双方真实意思表示，且内容合法合规，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该协议具有法律效力。
协议无效的情形：
- 若转让方未取得合法的宅基地使用权，或转让行为未经相关部门批准，或协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，则该协议可能被认定为无效。
二、被告的违约责任
违约行为的认定：
- 被告在宅基地转让协议签订后，未按约定履行义务，如未支付转让款、未交付宅基地等，均构成违约行为。
- 若被告侵占部分宅基地，且该行为未经原告同意，亦构成违约行为，并可能同时构成侵权行为。
违约责任的承担：
- 根据《民法典》的规定，违约方需承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。
- 在宅基地转让协议中，若被告违约，原告有权要求被告继续履行协议（如支付转让款、交付宅基地等），或要求被告赔偿因违约造成的损失。
三、侵占宅基地的法律后果
侵权行为的认定：
- 被告侵占部分宅基地，若未经原告同意，且该行为侵犯了原告的宅基地使用权，则构成侵权行为。
侵权责任的承担：
- 根据《民法典》的规定，侵权方需承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、返还财产、恢复原状、赔偿损失等侵权责任。
- 在宅基地侵占案件中，原告有权要求被告停止侵占行为，返还侵占的宅基地，并赔偿因侵占行为造成的损失。
四、综合建议
收集证据：
- 原告应收集宅基地转让协议、付款凭证、宅基地使用权证书等相关证据，以证明自己的合法权益。
协商解决：
- 在提起诉讼前，原告可尝试与被告进行协商，寻求和解或调解解决纠纷。
提起诉讼：
- 若协商无果，原告可向法院提起诉讼，要求被告承担违约责任和侵权责任，并赔偿损失。
寻求法律援助：
- 在诉讼过程中，原告可寻求专业律师的法律援助，以确保自己的合法权益得到充分保护。
若您在处理此类纠纷时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。