违规经商办企业有亏有盈时，违纪款的认定需结合违规所得、实际损失及行为性质综合判断，具体认定逻辑如下：

1. 违纪款的认定核心：以“违规所得”为基准

• 盈利情形：若经商办企业存在盈利，违纪款通常按“实际获利金额”认定。例如，通过违规渠道获得合同、利用职务便利低价获取资源等行为产生的利润，均需全额上缴。
• 亏损情形：若企业亏损，违纪款仍需以“违规行为本身”为基准认定。例如，违规投入的资金（如公款、受贿款项）或因违规操作导致的公共资源损失（如低价转让国有资产），即使企业亏损，相关资金仍属违纪款。

2. 关键认定标准：行为性质与后果

• 违规行为的性质：是否利用职务便利、是否损害公共利益或单位利益是核心。例如，公务员违规经商可能涉及“权力变现”，即使企业亏损，其投入的公款或受贿资金仍需追缴。
• 实际损失的关联性：若违规行为导致国家、集体或他人损失（如拖欠供应商款项、破坏市场公平），需根据损失金额补充认定违纪款。例如，违规签订合同导致单位损失100万元，即使企业未盈利，相关责任人仍需承担100万元的违纪责任。

3. 特殊情形处理

• 混合资金来源：若违规资金与合法资金混同使用，需按比例或实际违规投入金额认定。例如，用公款50万元与个人资金50万元合资办企业，亏损后公款部分仍需全额追缴。
• 主观恶意与后果：若行为人明知违规仍故意操作（如伪造文件、串通投标），即使未获利，也可能因“情节严重”被加重处罚，违纪款认定范围可能扩大至潜在利益损失。

4. 法律依据与程序

• 党纪处分依据：根据《中国共产党纪律处分条例》第九十四条，违规经商办企业的违纪所得应予以收缴，亏损部分需根据行为性质追究责任。
• 法律程序：认定需通过调查取证（如资金流向、合同文本、证人证言），并经单位党委或纪委审议，确保程序合法。

总结：违纪款的认定不单纯以盈亏结果为导向，而是结合违规行为的性质、资金来源、实际损失及主观恶意综合判断。若有具体案例或细节需进一步分析，可直接向我咨询。