养猪场超出备案部分用地，将面临责令退还、拆除或没收地上建筑物、罚款等处罚，具体处罚措施需根据土地性质、占用面积及情节严重程度综合判定。以下从不同角度展开分析：
土地性质角度
- 占用农用地（如耕地）：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。若占用耕地建养猪场，可能面临限期改正或治理、恢复原种植条件，并处以罚款（罚款额为耕地开垦费的2倍以上5倍以下）；若占用永久基本农田，则处罚更为严厉，可能面临限期拆除、恢复土地原状，并处以罚款（罚款额为耕地开垦费的5倍以上10倍以下）。
- 占用建设用地：若超出备案部分占用的是建设用地（如集体建设用地），虽不涉及耕地保护问题，但仍需符合土地利用总体规划和城乡规划。未经批准擅自占用建设用地的，同样可能面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、并处罚款的处罚。
占用面积及情节严重程度角度
- 占用面积较小且情节轻微：若超出备案部分占用土地面积较小，且未造成严重后果，可能仅面临责令退还土地、限期改正的处罚，并可能处以较低数额的罚款。
- 占用面积较大或情节严重：若超出备案部分占用土地面积较大，或造成土地资源严重浪费、生态环境破坏等严重后果的，除责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物外，还可能面临较高数额的罚款，甚至可能涉及刑事责任（如非法占用农用地罪）。
处罚程序角度
- 调查取证：自然资源主管部门在发现养猪场超出备案部分用地后，将进行调查取证，包括现场勘查、询问当事人、收集相关证据等。
- 作出处罚决定：根据调查结果，自然资源主管部门将依法作出处罚决定，并书面告知当事人处罚的事实、理由、依据及当事人享有的权利。
- 执行处罚决定：当事人应在规定期限内履行处罚决定。若当事人不履行，自然资源主管部门可依法申请人民法院强制执行。
建议：养猪场在运营过程中，应严格遵守土地管理法律法规，确保用地合法合规。若因生产需要扩大用地规模，应及时向相关部门申请办理用地审批手续，避免因违法用地而面临法律处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询。