行政机关在符合法定条件时，有权扣押违法车辆，但必须严格按照法定程序处理。具体分析如下：

1. 行政机关扣押车辆的法律依据

根据《中华人民共和国行政强制法》第九条、第十二条，行政机关为制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生或控制危险扩大，可依法实施查封、扣押等行政强制措施。
常见情形包括：

• 车辆涉及交通违法（如无证驾驶、超载、套牌等）；
  
• 车辆作为违法工具（如非法营运、走私运输）；
  
• 车辆与违法行为直接相关（如运输违禁品）。
  

关键点：扣押需有明确的法律依据（如《道路交通安全法》《治安管理处罚法》等），且必须与违法行为直接相关。

2. 扣押车辆的法定程序

行政机关扣押车辆时，必须遵循以下程序，否则可能构成程序违法：

• 出示证件与文书：执法人员需向当事人出示执法证件，并当场交付扣押决定书（载明扣押理由、依据、期限及救济途径）；
  
• 制作清单：当场清点车辆及相关物品，制作扣押清单，由当事人和执法人员签名或盖章；
  
• 妥善保管：扣押的车辆应存放在指定场所，不得使用或损毁；
  
• 期限限制：扣押期限一般不超过30日；情况复杂的，经行政机关负责人批准可延长，但延长期限不得超过30日（法律、行政法规另有规定的除外）。

3. 当事人如何维权？

若认为扣押行为违法，当事人可通过以下途径维权：

• 申请行政复议：自知道扣押决定之日起60日内，向上一级行政机关或同级人民政府申请复议；
  
• 提起行政诉讼：自知道扣押决定之日起6个月内，直接向人民法院起诉；
  
• 要求赔偿：若扣押行为违法且造成损失，可依法申请国家赔偿。

4. 扣押后的处理方式

扣押期满或违法行为处理完毕后，行政机关应按以下方式处理车辆：

• 解除扣押：违法行为已处理完毕或扣押期限届满，应及时返还车辆；
  
• 没收或拍卖：若车辆属于违法所得或依法应没收的财物（如走私车辆），行政机关可依法没收并上缴国库；
  
• 销毁或处理：对危害公共安全且无使用价值的车辆，可按法定程序销毁。

温馨提示：若您的车辆被扣押，建议先核实扣押决定书中的法律依据和程序是否合法。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题，我会结合您的案件细节提供专业分析。