在侵权纠纷中，关于原告医保报销部分在起诉时是否扣除的问题，这涉及到医疗保险基金与侵权赔偿两个不同的法律关系，需要从多个角度进行详细分析。

首先，我们要明确的是，医疗保险基金与侵权赔偿属于不同的法律体系。医保基金是国家为保障职工基本医疗而设立的专项基金，其目的在于通过社会共济分担医疗风险。而侵权赔偿则是要求侵权人按照过错承担赔偿责任，这是基于民事法律关系的赔偿。

在侵权纠纷中，如果存在明确的责任主体，那么医疗费的索赔权是独立于医疗报销的。也就是说，即使原告已经通过医保报销了部分医疗费用，他仍然有权向侵权人主张全额赔偿实际发生的医疗费用。这是因为医保支付仅是先行垫付，医保机构有权利依法向侵权人进行追偿。侵权人始终是医疗费用的终局责任主体，其赔偿责任并不因医保垫付而免除。

进一步来说，禁止重复救济获利是侵权纠纷中的一个重要原则。如果原告在获得侵权人赔偿的同时，又保留了医保报销的部分，那么他就获得了两份利益，其中医保基金支付的部分即为不当利益。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，受损失的人（即医保机构）有权请求其返还不当利益。因此，如果原告故意隐瞒相关情况，不主动向社保机构退回已经报销的费用，医保机构一旦发现存在明确的侵权责任主体，就会向其追偿，原告或许不免又要陷入一番诉讼。

此外，在就医治疗时，原告应如实向医疗机构陈述相关事实。如果确实存在第三方侵权，原告不能抱有侥幸心理而故意隐瞒。因为故意隐瞒相关情况，还有可能构成诈骗罪，被追究刑事责任。

从实际案例来看，也有法院明确支持了医保机构向侵权人追偿的权利。例如，在登封法院审理的一起医保部门诉被告王某不当得利案件中，法院就认定应当由第三人负担的医疗费用不属于基本医疗保险基金支付的范围，并支持了医保部门要求王某返还不应由医保基金支付部分的诉求。

综上所述，在侵权纠纷中，原告医保报销部分在起诉时并不应扣除。原告仍然有权向侵权人主张全额赔偿实际发生的医疗费用。同时，原告也应遵循诚实信用原则，如实向医疗机构陈述相关事实，并在获得侵权人赔偿后主动向社保机构退回已经报销的费用。