针对您提出的“破坏生产经营罪中，公司法人与他人达成协议后，对报案有异议该怎么办”的问题，以下是我的详细解答：
明确协议性质与法律效力：
- 首先，需要明确公司法人与他人达成的协议内容及其法律效力。如果协议是合法有效的，并且双方已经按照协议履行了相应义务，那么原则上，该协议不应成为阻碍报案或影响案件处理的法定因素。但若协议中存在违法条款或损害第三方利益的内容，则可能影响协议的整体效力。
分析报案异议的来源：
- 报案异议可能来源于多个方面，包括但不限于：对案件事实的认定存在分歧、对法律适用的理解不同、认为报案行为不当或存在滥用职权等。针对这些异议，需要具体分析其合理性和法律依据。
针对报案异议的应对策略：
- 收集证据，支持报案：如果认为报案行为是正当的，且异议缺乏合理依据，那么应积极收集相关证据，如现场照片、视频资料、证人证言等，以支持报案的合法性和必要性。
- 与报案机关沟通：主动与报案机关（如公安机关）进行沟通，说明情况，提供证据，并请求其依法处理。同时，也可以了解报案机关对异议的看法和处理意见。
- 寻求法律救济：如果报案机关对异议的处理结果不满意，或者认为报案机关的处理行为存在违法或不当之处，可以依法向上一级机关申请复议或向人民法院提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
考虑协议对案件处理的影响：
- 尽管协议本身不应成为阻碍报案的法定因素，但在案件处理过程中，协议的内容和履行情况可能会作为案件事实的一部分被考虑。例如，如果协议中涉及了对破坏生产经营行为的谅解或赔偿，那么这可能会影响对犯罪嫌疑人的量刑。
法律建议与风险提示：
- 法律建议：在处理此类问题时，建议公司法人保持冷静，依法行事。不要因情绪激动而采取过激行为，以免加重法律责任。同时，应积极与律师沟通，了解自身权利和义务，制定合理的应对策略。
- 风险提示：需要注意的是，任何试图通过非法手段影响案件处理的行为都是违法的，并可能面临更严重的法律后果。因此，务必遵守法律法规，依法维护自身权益。
如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。