核心结论：在立案40天后共犯被抓而主犯在逃的情况下，案件仍会继续推进，您可以通过配合公安机关调查、关注案件进展、考虑民事赔偿等途径维护自身权益。以下是具体分析：

1. 案件仍会继续推进

• 公安机关对案件的侦查不会因主犯在逃而停滞。共犯被抓后，警方会继续通过审讯、取证等方式固定证据链，并可能通过共犯的供述获取主犯的线索。
• 检察院会依据现有证据对共犯提起公诉，法院会依法审理并作出判决。主犯的在逃状态不影响对共犯的定罪量刑，但可能影响最终对主犯的追责。

2. 您需要配合公安机关调查

• 作为案件相关方（如被害人或证人），您应积极配合警方调查，提供与案件相关的线索或证据（如主犯的身份信息、行踪、联系方式等）。
• 您的配合可能帮助警方更快锁定主犯位置，推动案件侦破。同时，避免干扰司法程序（如隐瞒信息或伪造证据），否则可能承担法律责任。

3. 关注案件进展，维护自身权益

• 您可以通过办案机关（如派出所、检察院）了解案件进展，包括共犯的审判情况、主犯的追逃进展等。
• 若您是被害人，可依法提起刑事附带民事诉讼，要求共犯及主犯（若后续归案）赔偿损失。即使主犯未归案，法院也可先对共犯的赔偿责任作出判决。

4. 主犯归案后的处理

• 若主犯后续被抓获，公安机关会重新侦查其犯罪事实，检察院会补充起诉，法院会合并审理或另行审判。
• 主犯的刑罚可能因其在犯罪中的作用（如主谋、组织者）而重于共犯，但具体需结合证据和法律规定判断。

5. 特殊情况：主犯长期在逃

• 若主犯长期未归案，案件可能因证据不足或诉讼时效问题面临一定障碍，但共犯的判决不会因此被推翻。
• 您可定期向公安机关询问追逃进展，或通过法律途径（如申请信息公开）监督案件办理。

温馨提示：刑事案件周期较长，建议您保持耐心，同时注意保护自身安全，避免因主犯在逃而遭受二次侵害。如有具体问题（如证据提交、赔偿计算等），可直接向我咨询，我会结合案情为您详细解答。