若发现涉法涉诉案件中存在部门包庇犯罪的情况，可按以下途径处理：

1. 向上级部门或监督机关反映
   若认为某部门在处理案件时存在包庇行为，可向其上级主管部门或专门的监督机关（如纪委、监察委）提出书面或口头投诉。需提供具体证据（如书面材料、录音录像、证人证言等），说明包庇的具体事实和依据。监督机关有义务对投诉进行调查，若查实存在违法行为，会依法追究相关人员的责任。

2. 申请行政复议或提起行政诉讼
   若包庇行为导致案件处理结果不公，可依法申请行政复议（向作出具体行政行为的机关的上一级机关提出）或直接提起行政诉讼（向法院起诉）。复议或诉讼中需重点证明：部门行为违反法定程序或实体规定，且该行为与案件处理结果存在直接因果关系。法院或复议机关会依法审查并作出裁决。

3. 通过信访渠道反映问题
   可向当地信访部门提交书面材料，详细说明包庇情况及证据。信访部门会将材料转交有权处理的机关，并要求其限期答复。需注意，信访并非法律程序，但可作为推动问题解决的辅助手段，建议与其他法律途径结合使用。

4. 向检察机关申请法律监督
   若包庇行为涉及司法机关（如法院、检察院），可向上一级检察机关申请法律监督。检察机关有权对司法活动进行监督，若发现违法行为，会提出纠正意见或启动追责程序。需提供初步证据证明司法机关存在故意歪曲事实、滥用职权等行为。

关键提醒：

• 证据是处理此类问题的核心，务必保留与包庇行为相关的所有材料（如文件、聊天记录、证人联系方式等）。
  
• 避免采取过激行为（如公开指责、扰乱办公秩序），否则可能因自身违法行为承担责任。
  
• 若对法律程序不熟悉，可要求我协助梳理证据、撰写投诉材料或代理复议/诉讼。

具体操作建议：

1. 整理所有能证明包庇行为的证据（如对比部门前后处理意见、调取相关文件）；
   
2. 根据包庇主体选择对应的监督机关（如行政机关包庇找上级行政机关或监察委，司法机关包庇找上级检察院）；
   
3. 书面提交投诉材料时，注明“请求依法查处并书面答复”，并保留送达凭证。
   

如有进一步问题（如证据收集细节、投诉材料模板等），可直接向我咨询。