结论：在起诉离婚过程中，若涉及确认非婚生子女与配偶的亲子关系，可以通过合法程序申请亲子鉴定，但需满足法定条件并遵循相应程序。以下从法律适用、程序要求、证据效力三个角度展开分析：

1. 法律适用：亲子鉴定的请求权基础

根据《民法典》第1073条及《最高人民法院关于适用〈民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第39条，在离婚诉讼中，一方主张配偶与他人存在非婚生子女关系时，可申请亲子鉴定。具体情形包括：

• 配偶否认亲子关系：若被告方（如丈夫）拒绝承认子女与其存在生物学关系，原告方（如妻子）可申请鉴定；
• 配偶拒不配合鉴定：若被告方无正当理由拒不配合亲子鉴定，法院可推定原告主张成立（需结合其他证据综合判断）；
• 子女权益保护：若涉及子女抚养权争议，法院可能依职权启动鉴定程序，以保障子女合法权益。

注意：亲子鉴定需以“必要性和合理性”为前提，法院不会仅因一方主张而强制鉴定，需结合案件具体事实（如婚姻关系存续期间、子女出生时间等）综合判断。

2. 程序要求：如何合法申请亲子鉴定

• 起诉阶段：在离婚起诉状中明确提出亲子鉴定请求，并附相关证据（如配偶与第三者同居证明、子女出生证明等）；
• 证据提交：向法院提交初步证据证明“存在合理怀疑”，例如：
  • 配偶在婚姻关系存续期间与他人长期同居；
  • 子女出生时间与婚姻关系存续时间高度吻合；
  • 配偶自认或通过聊天记录、证人证言等间接证据。
• 法院审查：法院将审查证据是否达到“高度盖然性”标准，若认为必要，会向被告方送达《亲子鉴定通知书》，要求其配合；
• 鉴定机构选择：由双方协商选定或法院指定具有司法鉴定资质的机构，鉴定费用通常由申请方预交，最终根据责任分担。

3. 证据效力：亲子鉴定结果的法律后果

• 鉴定结果确认亲子关系：若鉴定结论显示配偶与非婚生子女存在生物学关系，法院将据此认定配偶存在过错，并在财产分割、损害赔偿、子女抚养权判决中予以考量：
  • 财产分割：无过错方（如妻子）可主张多分财产（《民法典》第1087条）；
  • 损害赔偿：可主张精神损害赔偿（《民法典》第1091条）；
  • 子女抚养：非婚生子女与婚生子女享有同等权利，但若涉及抚养权争议，法院会综合双方经济能力、子女意愿等因素判决。
• 鉴定结果否定亲子关系：若鉴定结论排除配偶与非婚生子女的生物学关系，原告方需承担举证不能的后果，法院可能驳回其相关主张。

4. 风险提示：亲子鉴定的局限性

• 配偶拒不配合：若被告方拒绝鉴定且无其他直接证据，法院可能无法直接认定亲子关系，需结合间接证据（如同居证明、消费记录等）综合判断；
• 证据链完整性：亲子鉴定结果需与其他证据形成完整链条，例如配偶与第三者的亲密关系证明、子女出生时间与婚姻关系存续时间的关联性等；
• 隐私保护：鉴定过程需严格遵守程序，避免侵犯他人隐私权，否则可能面临证据合法性争议。

建议：若您面临此类情况，建议第一时间收集配偶与他人同居、子女出生证明等间接证据，并在起诉时明确提出亲子鉴定请求。如有具体证据或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询，我将结合个案提供针对性法律意见。