工程竣工业主已经入住，质保金是否应退还，需视具体情况及合同约定而定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先

• 有明确约定：若建设工程合同中明确规定了质保金的退还条件、时间及方式，且业主入住并不构成退还质保金的法定或约定障碍，则应按照合同约定执行。例如，合同可能规定在工程竣工验收合格后一定期限内（如一年或两年），且无质量问题时，质保金应全额退还。
• 无明确约定或约定模糊：若合同中未明确规定质保金的退还条件，或规定较为模糊，则需依据相关法律法规及行业惯例进行判断。

2. 法律法规依据

• 质保金的作用：质保金是发包方为确保承包方在质保期内对工程质量负责而预留的一部分款项。其退还通常与质保期的结束及工程质量的确认相关联。
• 质保期规定：根据《建设工程质量管理条例》及相关规定，建设工程的质保期通常自工程竣工验收合格之日起计算。质保期内，承包方需对工程质量负责，并承担维修责任。质保期结束后，若无质量问题，发包方应退还质保金。
• 业主入住的影响：业主入住本身并不直接决定质保金的退还。关键在于质保期是否已满，以及工程是否存在质量问题。若质保期已满且工程无质量问题，则业主入住不应成为退还质保金的障碍。

3. 实际操作建议

• 核查合同与质保期：首先，应核查建设工程合同中关于质保金的约定，以及质保期的具体起止时间。
• 确认工程质量：其次，需确认工程在质保期内是否出现质量问题，以及承包方是否已履行维修责任。
• 协商与诉讼：若合同有明确约定且符合退还条件，但发包方拒绝退还质保金，承包方可通过协商、调解或诉讼等方式维护自身权益。

4. 特殊情况考虑

• 工程质量争议：若工程在质保期内出现质量问题，且双方对维修责任或费用存在争议，则质保金的退还可能需待争议解决后再行处理。
• 合同变更或解除：若合同在履行过程中发生变更或解除，且涉及质保金的退还问题，则需根据变更或解除后的合同约定执行。

总结与建议：工程竣工业主已经入住，并不直接决定质保金的退还。关键在于合同约定、质保期的结束以及工程质量的确认。建议承包方在质保期结束后，及时与发包方沟通质保金的退还事宜，并保留好相关证据以备不时之需。如有任何疑问或争议，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议。