有限公司在有债务纠纷时，可以通过合法方式注入知识产权，但需满足一定条件且存在限制，具体如下：

1. 知识产权注入的合法性基础
   根据《公司法》及相关司法解释，股东可以用知识产权（如专利权、商标权、著作权等）作价出资，但需满足以下条件：

   • 权属清晰：知识产权必须为股东合法所有，无权属争议或被查封、抵押等限制；
     
   • 评估作价：需经法定评估机构评估，并办理权属变更登记（如专利权转让、商标权过户等）；
     
   • 公司章程允许：公司章程需明确允许知识产权出资，且出资比例需符合《公司法》对非货币出资比例的限制（通常不超过注册资本的70%）。
     

2. 债务纠纷下的特殊限制

   • 债权人保护原则：若公司已存在债务纠纷，股东通过注入知识产权增资可能被认定为“逃避债务”。根据《公司法》第20条，股东不得滥用权利损害债权人利益，否则债权人可请求法院撤销该增资行为；
     
   • 执行阶段限制：若公司已进入执行程序，法院可能对公司的财产（包括新增知识产权）采取查封、拍卖等措施。此时，知识产权注入可能因“恶意转移财产”被法院驳回或撤销；
     
   • 评估风险：知识产权价值波动较大，若评估价值显著高于实际价值，可能被认定为“虚假出资”，股东需承担补足出资及赔偿责任。

3. 操作建议

   • 提前规划：若公司预计发生债务纠纷，建议在纠纷前完成知识产权注入，并确保评估报告真实、权属变更手续完备；
     
   • 债权人同意：可与债权人协商，通过债务重组协议明确知识产权注入的用途（如用于偿债或增信），降低法律风险；
     
   • 合规审查：委托律师对知识产权的权属、评估报告、公司章程等进行全面审查，确保程序合法。

总结：有限公司在债务纠纷期间注入知识产权需谨慎，需满足法律程序并避免损害债权人利益。若操作不当，可能面临增资无效、股东责任扩大等风险。如有具体案例或操作需求，可直接向我咨询，我会结合细节提供进一步分析。