结论前置：针对法院执行超过生效法律文书确定的数额且执行结案三年后才发现的情况，可采取以下措施：

1. 申请执行回转
   根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十三条及《最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定（试行）》第66条，若执行过程中存在超额执行情形，且该执行行为已终结（如执行款已发放、财产已处置完毕），被执行人可在发现超额执行之日起两年内向执行法院提出执行回转申请。执行回转的核心是恢复原状，即法院应裁定责令原申请执行人返还已取得的财产及孳息。
   关键点：
   

• 需证明超额执行的具体数额（如执行裁定书、付款凭证等证据）；
  
• 执行回转申请需在法定时效内提出（自知道或应当知道权利受损之日起两年）；
  
• 若原申请执行人拒不返还，法院可强制执行其财产。

1. 提出执行异议或复议
   若超额执行行为发生在执行程序终结前（如执行款尚未发放），被执行人可依据《民事诉讼法》第二百三十二条向执行法院提出书面异议，要求撤销或变更超额执行行为。法院应在收到异议后十五日内审查，并作出裁定。若对裁定不服，可在十日内向上一级法院申请复议。
   关键点：
   

• 异议需针对具体执行行为（如查封、扣押、冻结、划拨等）；
  
• 需在执行程序终结前提出，否则可能丧失救济权利；
  
• 异议期间原则上不停止执行，但法院可依职权决定中止。

1. 追究执行人员责任
   若超额执行系因执行人员故意或重大过失导致（如错误计算执行标的额、未依法审查执行依据等），被执行人可依据《法官法》第四十八条及《人民法院工作人员处分条例》向执行法院或上级法院投诉或举报，要求对相关人员给予纪律处分。若构成犯罪（如滥用职权罪、玩忽职守罪），可依法向公安机关报案。
   关键点：
   

• 需提供执行人员违规的初步证据（如执行笔录、谈话记录等）；
  
• 投诉渠道包括执行法院监察部门、上级法院执行局或当地纪委监委；
  
• 刑事追责需以公安机关立案为前提。

1. 国家赔偿申请
   若超额执行行为被依法确认违法（如通过执行异议、复议或诉讼程序），且造成被执行人财产损失，被执行人可依据《国家赔偿法》第三十八条向执行法院提出国家赔偿申请。法院应在收到申请后两个月内作出赔偿决定，逾期未作出的，申请人可向上一级法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
   关键点：
   

• 赔偿范围限于直接财产损失（如超额执行部分的款项及利息）；
  
• 需以执行行为被确认违法为前提；
  
• 赔偿请求需在知道或应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其财产权之日起两年内提出。

实务建议：

1. 立即收集超额执行的证据（如执行裁定书、付款凭证、银行流水等）；
   
2. 优先通过执行回转程序解决，因时效较长且程序相对简便；
   
3. 若执行程序已终结且超过两年时效，可尝试通过执行异议之诉或国家赔偿程序补救；
   
4. 涉及执行人员违规的，同步向法院监察部门投诉，增加救济成功率。
   

风险提示：

• 执行回转申请超过两年时效的，法院可能不予支持；
  
• 若原申请执行人已将财产转移或消耗，执行回转可能面临执行不能风险；
  
• 国家赔偿程序需以执行行为违法为前提，且赔偿范围有限。
  

如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。