假冒伪劣卷烟的价格认定通常由市场监管部门或价格认证机构依据实际成交价、标价、同类正品市场价或成本加利润等方式综合确定，具体如下：

1. 有实际成交价或标价的情形
   若假冒伪劣卷烟已实际销售或标有价格，价格认定机构会优先以实际成交价或标价作为基准。例如，查获的假烟包装上标注售价为200元/条，且查实存在销售行为，则可能直接采用该价格。但需注意，若标价明显偏离市场合理范围（如远高于同类正品），可能被调整。

2. 无实际成交价或标价的情形
   若未实际销售或标价不真实，价格认定会参考同类正品卷烟的市场中间价。例如，查获的假冒某品牌香烟，若正品市场零售价为500元/条，则假烟价格可能按正品价格的50%-80%折算（具体比例需结合假烟质量、包装仿真度等因素综合判断）。

3. 成本加利润推算法
   在极端情况下（如无正品参考或假烟质量极差），价格认定可能采用成本加合理利润的方式。例如，假烟生产成本为50元/条，按行业平均利润率20%计算，可能认定为60元/条。但此方法适用较少，通常作为辅助手段。

法律依据与实务要点：

• 根据《价格认定规定》（发改价格〔2015〕2251号），价格认定需遵循合法、公正、科学、效率原则，结合市场调查、成本分析等方法综合确定。
  
• 实务中，价格认定结论常作为行政处罚（如《烟草专卖法实施条例》第五十二条）或刑事犯罪（如《刑法》第一百四十条生产、销售伪劣产品罪）的定罪量刑依据。例如，销售金额达5万元以上即可能构成犯罪，此时价格认定直接影响刑期。
  
• 若对价格认定结论有异议，当事人可在收到结论书之日起60日内向上一级价格认定机构提出复核。

建议：若涉及假冒伪劣卷烟案件，需重点关注价格认定程序的合法性（如是否委托具备资质的机构、是否充分调查市场行情）及结论的合理性。如有疑问，可直接向我咨询具体案件中的价格认定问题。