三方协议单位盖的公司人力资源部的公章，在符合法律规定和公司内部授权的情况下，是有效的。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 公章的法律效力

1. 公章的法定效力：根据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，公章是公司法人意志的体现，对外具有代表公司法人意志的效力。因此，公司人力资源部作为公司的一个部门，其公章在授权范围内使用，应视为公司法人意志的体现。
2. 人力资源部公章的特殊性：人力资源部作为公司负责人力资源管理和人事事务的部门，其公章通常用于与员工签订劳动合同、出具人事证明等事务。在三方协议上盖章，需确保该行为符合公司内部授权和业务流程。

二. 三方协议的有效性

1. 协议生效要件：三方协议要生效，通常需要满足合同的基本生效要件，如合同主体具有相应的民事行为能力，合同内容合法、明确，且意思表示真实。
2. 盖章的效力：在三方协议上，如果公司人力资源部的公章是代表公司法人意志的，且该行为符合公司内部授权和业务流程，那么该公章的盖章行为应视为公司对该协议的认可，协议因此具有法律效力。

三. 实际情况的考量

1. 公司内部规定：需考虑公司是否有关于公章使用和管理的内部规定，以及人力资源部公章的具体授权范围。若公司内部有明确规定，且人力资源部公章的使用符合规定，则盖章有效。
2. 协议内容审查：在确认公章有效性的同时，还需对协议内容进行仔细审查，确保协议内容合法、明确，且各方意思表示真实。

综上所述，三方协议单位盖的公司人力资源部的公章，在符合法律规定和公司内部授权的情况下，是有效的。但为确保协议的有效性，建议在实际操作中，先了解公司关于公章使用和管理的内部规定，再对协议内容进行仔细审查。如有进一步需要，您可以继续咨询我。