辞退员工时，正常工作期间的工资发放是按照实发工资来，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则是按照应发工资来。以下是对这一问题的详细分析：

一、正常工作期间的工资发放

根据《劳动合同法》及相关法律法规，员工被单位辞退时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在被辞退前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，即实发工资。这是为了确保劳动关系的真正解除，避免后续纠纷。实发工资是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。

二、经济补偿金的计算基础

若因公司原因违法辞退员工，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。关于经济补偿金中月工资的计算基础，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条明确规定，应按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入，即应发工资。

• 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。它全面、真实地反映了劳动者的劳动报酬水平和实际收入状况。
• 采用应发工资计算的原因：按照应发工资计算经济补偿，能够确保劳动者获得合理、足额的补偿，符合法律维护劳动者合法权益的宗旨。如果按照实发工资计算，可能会因扣除项的存在而导致补偿金额低于劳动者应得的合理补偿，从而损害劳动者的合法权益。

三、特殊情况处理

如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，则按照当地最低工资标准计算经济补偿。这一规定确保了即使劳动者的工资水平较低，也能获得一定的经济补偿保障。

四、实际操作建议

• 为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
• 用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
• 如果单位未按时足额支付，员工有权向劳动监察大队投诉维权。

举例说明：

假设员工小李的月应发工资为8000元，扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后，实发工资为6500元。若公司违法辞退小李，需支付经济赔偿金时，应以8000元作为计算基数，而不是6500元。这样做既符合法律法规的规定，也更能体现对劳动者合法权益的保护。

综上所述，辞退员工的工资发放应确保正常工作期间的实发工资按时足额支付，而涉及经济补偿金等赔偿计算时，则应以应发工资为基数，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。